ImageJ 亮度和亮度一堆图像的对比

Question

我正在查看 ImageJ 中的图像数据集（一堆 .tif 图像，大约 130 帧），并且该数据集有问题。这是一系列显微镜图像，每一帧都是一个比前一帧高/低约 3-4 微米的平面。当我深入研究数据集时，光散射使背景变得更亮，因此样本的主要特征变得更暗。

然而，ImageJ 的亮度和对比度功能使用表示整个图像堆栈的直方图。当我在堆栈深处的图像上单击“自动”和“重置”时，产生的对比度非常完美：所有功能都照亮得非常好。然而，回到堆栈的开始，大多数功能已经饱和。

我尝试从堆栈中的各个点手动提取一些图像，并在亮度和亮度中执行自动->重置。单独对比每一个，然后将它们重新转换为一堆，看起来非常可靠。如何以编程方式（例如使用插件）对整个堆栈执行此操作？相关的API调用有哪些？

Answer 1

开始编写此类脚本的一个好方法是使用 ImageJ 的宏记录器 - 您可以使用 Plugins > 来启动它。宏>记录...。对于此示例，我假设您已将 Record: 选项框切换为 JavaScript，但如果您更熟悉 ImageJ 宏语言或编写插件在 Java 中，其他之一可能是更好的选择。如果您随后打开图像并使用 Image >;堆栈>设置 Slice ... 并选择（例如）切片 20，您应该看到：

imp.setSlice(20);

... 出现在记录器中。现在，如果您运行 Image >调整>亮度/对比度...并选择自动，您应该在记录器中看到这相当于运行增强对比度并保持0.35%的饱和像素。正如您所指出的，这样做的问题在于，这会调整整个堆栈的最小值和最大值，而不仅仅是该切片的最小值和最大值。但是，您可以通过运行 Process > 来运行具有不同选项的 Enhance Contrast。增强对比度。 ImageJ 文档 wiki 上有关该选项的部分解释说，如果如果您想要更改像素值而不是设置堆栈的最小值和最大值，则需要选择“标准化”选项。如果我选择这样做，宏记录器会记录：

imp.setSlice(20);
IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=0.35 normalize");

...并且您应该看到只有切片 20 已更改。然后，您可以将其包装在一个循环中，在每个切片上运行相同的增强功能：（

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();

for( var i = 0; i < n; ++i) {
    imp.setSlice(i+1);
    IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=4 normalize");
}

如果您使用的是 Fiji，则脚本编辑器（例如通过 File > New > Script）是一个试验此类脚本的简单方法。）

当然，使用归一化选项确实会导致像素值发生改变，这意味着在这种情况下您将丢失信息，因此我不会将生成的堆栈用于定量结果。

我希望这有一些用处。

Answer 2

您还可以考虑使用 CellProfiler 来处理图像。即使 CP 无法直接执行您想要执行的操作，您实际上也可以从 CP 运行 ImageJ 命令、插件和宏。

最简单的是，您可以创建一个仅包含 LoadImages 和 RunImageJ 的 CP 管道。

Answer 3

接受的答案对于OP的问题来说是最好的，但是一个小的变体是如果您想根据特定数据的切片来更改亮度/对比度。

就我而言，我希望具有阈值效应，但阈值在堆栈的每个切片中都在变化。我去了几个不同的切片并手动找到了阈值。然后，我找到了阈值 (Tv) 的近似函数作为切片的函数，如下所示：

Tv=4000/s-17

因此，然后我的脚本变为：

importClass(Packages.ij.IJ);

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();
var miny,maxy;

for( var i = 1; i < n+1; ++i) {
    imp.setSlice(i);
    miny=parseInt(4000/i-17);
    maxy=miny+5;
    IJ.setMinAndMax(imp, miny, maxy);
    IJ.run(imp, "Apply LUT", "slice");
}