R：ape/phylobase：无法将超度量、二叉树转换为 hclust 对象（警告消息）

Question

我使用 ape 函数和 ape 包的 read.tree 函数在 R 中导入了 ClustalW2 树。我使用 chronopl 函数估计分子年龄，从而生成超量度二叉树。我想从中创建树状图对象中的 R 版本。

这棵树绘制得很好，是一个真正的系统对象。但是，我在尝试转换它时遇到了问题：

最小工作示例：

require(ape)
test.tree <- read.tree(file = "testree.phylip", text = NULL, tree.names = NULL, skip = 0,
    comment.char = "#", keep.multi = FALSE)

test.tree.nu <- chronopl(test.tree, 0, age.min = 1, age.max = NULL,
node = "root", S = 1, tol = 1e-8,
CV = FALSE, eval.max = 500, iter.max = 500)

is.ultrametric(test.tree.nu)
is.binary.tree(test.tree.nu)
treeclust <- as.hclust.phylo(test.tree.nu)

生成的树“看起来”很好， 我进行测试以确保该树不是超度量和二元的，并希望将其转换为 hclust 对象，最终使其成为树状图对象。

> is.binary.tree(test.tree.nu)
[1] TRUE
> is.ultrametric(test.tree.nu)
[1] TRUE

在尝试从树中创建 hclust 对象后，我收到一个错误：

> tree.phylo <- as.hclust.phylo(test.tree.nu)
Error in if (tmp <= n) -tmp else nm[tmp] : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning message:
In nm[inode] <- 1:N :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

我意识到这是一个非常详细的问题，也许与某些包特别相关的此类问题最好在其他地方提出，但我希望有人能够帮我。

非常感谢所有帮助，

问候，

文件下载

Phylip 文件可以在此处下载 http://www.box.net/shared/rnbdk973ja

Answer 1

我可以在 Linux 上的 R 2.12.1 beta (2010-12-07 r53808) 下使用 ape 2.6-2 版本重现此内容，但您的代码可以在 ape 2.5-3 版本中运行。

这表明程序包中已出现错误，您应该将该问题告知开发人员以寻求专家建议。维护者 Emmanuel Paradis 的电子邮件地址位于 ape 的 CRAN 包上

Answer 2

看起来问题是 chronopl 返回一棵树，它要么是无根的，要么是具有多分叉的根（取决于它的解释方式）。另外 as.hclust.phylo 也有无用的错误消息。

这：

modded.tree <- drop.tip(test.tree.nu,c(
'An16g06590','An02g12505','An11g00390','An14g01130'))

删除从根部下降的三个进化枝之一的所有提示，因此

is.ultrametric(modded.tree)
is.binary.tree(modded.tree)
is.rooted(modded.tree)

所有提示都返回 TRUE，您可以这样做

treeclust <- as.hclust.phylo(modded.tree)

。尽管我认为您确实想要一个代表多分叉树的 hclust 对象，并且尽管 hclust 对象可以处理这些对象，但 as.hclust.phylo （来自包“ape”）由于某种原因不适用于多分叉。如果您知道一种将 newick 文件导入 hclust 对象的方法，这可能是一种前进的方法 - ade 有 write.tree() 来生成 newick 文件。