R - 箱线图中的排序

Question

我正在尝试在 R 中生成一系列由 2 个因素分组的箱线图。我已经成功地绘制了图，但我无法将盒子按正确的方向排序。

我正在使用的数据场看起来像这样：

Nitrogen    Species    Treatment
2           G          L
3           R          M
4           G          H
4           B          L
2           B          M
1           G          H

我尝试过：

boxplot(mydata$Nitrogen~mydata$Species*mydata$Treatment)

这按字母顺序对框进行排序（前三个是“高”处理，然后在这三个处理中，它们按物种名称字母顺序排序）。

我希望箱线图按 Low>Medium>High 的顺序排列，然后在每个组中 G>R>B 的物种。

所以我尝试在公式中使用一个因素：

f = ordered(interaction(mydata$Treatment, mydata$Species), 
            levels = c("L.G","L.R","L.B","M.G","M.R","M.B","H.G","H.R","H.B")

然后：

boxplot(mydata$Nitrogen~f)

但是盒子仍然以相同的顺序排列。现在标签不同了，但盒子没有移动。

我已经取出每组数据并将它们单独绘制在一起：

lg = mydata[mydata$Treatment="L" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
mg = mydata[mydata$Treatment="M" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
hg = mydata[mydata$Treatment="H" & mydata$Species="G", "Nitrogen"]
etc ..

boxplot(lg, lr, lb, mg, mr, mb, hg, hr, hb)

这给出了我想要的，但我更喜欢以更优雅的方式执行此操作，因此我不必为更大的数据集单独取出每个数据。

---

可加载数据：

mydata <-
structure(list(Nitrogen = c(2L, 3L, 4L, 4L, 2L, 1L), Species = structure(c(2L, 
3L, 2L, 1L, 1L, 2L), .Label = c("B", "G", "R"), class = "factor"), 
    Treatment = structure(c(2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("H", 
    "L", "M"), class = "factor")), .Names = c("Nitrogen", "Species", 
"Treatment"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))

Answer 1

以下命令将通过重建处理和物种因子来创建您所需的排序，并明确手动对级别进行排序：

mydata$Treatment = factor(mydata$Treatment,c("L","M","H"))

mydata$Species = factor(mydata$Species,c("G","R","B"))

---

编辑 1 ：哎呀我已将其设置为 HML 而不是 LMH。定影。

编辑2：因子(X,Y)的作用：

如果您对现有因子运行因子(X,Y)，它会使用Y中值的顺序来枚举因子中存在的值X. 以下是您的数据的一些示例。

> mydata$Treatment
[1] L M H L M H
Levels: H L M
> as.integer(mydata$Treatment)
[1] 2 3 1 2 3 1
> factor(mydata$Treatment,c("L","M","H"))
[1] L M H L M H                               <-- not changed
Levels: L M H                                 <-- changed
> as.integer(factor(mydata$Treatment,c("L","M","H")))
[1] 1 2 3 1 2 3                               <-- changed

它不会改变因子乍一看的样子，但它确实改变了数据的存储方式。

这里重要的是，许多绘图函数将绘制最左边的最低枚举，然后是下一个，依此类推。

如果您仅使用 factor(X) 创建因子，那么通常枚举是基于字母顺序的因子水平（例如“H”、“L”、“M”）。如果您的标签具有与字母顺序不同的常规顺序（即“H”、“M”、“L”），这可能会使您的图表看起来很奇怪。

乍一看，问题似乎是由于数据框中数据的顺序造成的 - 即，如果我们可以将所有“H”放在顶部，将“L”放在底部，那么它就可以工作。事实并非如此。但是，如果您希望标签的显示顺序与数据中第一次出现的顺序相同，则可以使用以下形式：

 mydata$Treatment = factor(mydata$Treatment, unique(mydata$Treatment))

Answer 2

这个早期的 StackOverflow 问题展示了如何重新排序箱线图< /code> 基于数值；这里您需要的可能只是从 factor 到相关类型 ordered 的切换。但这很难说，因为我们没有您的数据，并且您没有提供可重现的示例。

编辑使用您在变量md中发布的数据集并依靠我之前指出的解决方案，我们得到了

R> md$Species <- ordered(md$Species, levels=c("G", "R", "B"))
R> md$Treatment <- ordered(md$Treatment, levels=c("L", "M", "H"))
R> with(md, boxplot(Nitrogen ~ Species * Treatment))

创建您想要创建的图表的结果。

这也相当于这里介绍的其他解决方案。