如何将 R 警告消息重定向到 STDOUT？

Question

我正在使用网格引擎来运行 R 脚本。在此设置下，STDERR 受到认真对待，因此我想保持其干净，并且仅将真正/严重/致命的错误打印到 STDERR。

问题是我的 R 脚本生成各种 STDERR 消息，这些消息并不是真正严重的警告...例如， scan 似乎将其读取的项目数打印到 STDERR。

我可以（从 R 内部）将 STDERR 重定向到 STDOUT 吗？

Answer 1

查看sink()的帮助页面：

'sink' 将 R 输出转移到连接。如果“文件”是一个字符
字符串，将建立具有该名称的文件连接
转移的持续时间。

正常的 R 输出（到连接“stdout”）被转移
默认'类型=“输出”'。仅提示和（大多数）消息
继续出现在控制台上。消息发送到“stderr()”
（包括来自“消息”、“警告”和“停止”的内容）可以
被“sink(type = "message")”转移（见下文）。

Answer 2

@Dirk 已经提供了答案，但我想补充一点，您可以使用 stdout() 来连接到 STDOUT。您可以在任何输出函数中使用它来直接输出。

Answer 3

隔离错误的一种方法是使用 try catch，在主块中，所有内容都发送到 stdout，然后捕获代码引发的任何错误并将其发送到 stderr。

这只会处理代码中引发的错误，而不是记录错误消息，但可能是您的解决方案。

result = tryCatch({
    sink(stdout(), type = "message") # sink all messages, warnings, errors to stdout
    
    message('Starting! This message will go to stdout')
    warning('Warning! This message will go to stdout')
    error('Error! This message will ALSO go to stdout')
    
    #Call your code here, e.g.
    #...
    stop('An error is thrown', call.=FALSE)
    #...

}, error = function(e) {
    sink(NULL, type="message") # close the sink

    #Now sink closed, you can re-raise the error, and it will be directed to sterr:
    stop(paste0('Error: ', e), call.=FALSE)
})