如何在Matlab的生物信息学工具箱中使用其他聚类方法进行聚类图

Question

编辑：我想通了。只是不明白符号。

您好，

希望有人熟悉生物信息学工具箱中的聚类图。我对该函数的图形方面（树状图/热图）感兴趣，但目前我有障碍，因为它要求我使用 Matlab 的 cluster() 函数。我更喜欢使用我个人的算法进行聚类，然后让 Matlab 为我可视化。

我已经搜索了代码，但遗憾的是我对面向对象编程的总体情况一无所知，尤其是 Matlab 的版本。因此，我只知道该函数调用行“obj = obj.getclusters”，但不知道如何编辑它，以便我使用自己的聚类算法而不是 Matlab 的算法。

任何帮助表示赞赏！

编辑：我正在专门研究一种新算法，因此为什么我不需要 pdist 或链接。树状图是在 clustergram 函数之外计算的。我用来创建树状图/热图的只是 clustergram 函数。我的生物信息学工具箱是版本 3.3

真的，我在这里寻找的只是 'obj = obj.getclusters;' 到底做什么。做？我不是程序员，对 OO 并不熟悉。对我来说，这看起来就像我们神奇地拥有了集群，因为没有函数调用。这是 clustergram() 的第 304 行

Answer 1

首先，我有更高版本的 Bioinformatics Toolbox（3.4 及更高版本），并且对于这些版本 clustergram.m 文件没有行 obj = obj.getclusters;

记住 CLUSTERGRAM 在类中（不像旧版本那样起作用）。当您运行 clustergram(data,...) 时，您实际上运行此类的构造函数方法来创建 clustergram 对象。该对象是 obj 变量。因此，当您运行 obj = obj.getclusters; 时，您实际上运行 clustergram 类中的 getclusters 方法，该方法会更新对象 obj。

要了解 getclusters 方法正在执行的更多详细信息，请在方法块中查找以下行：

    function obj = getcluster(obj)

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在最新版本中，方法 computeClusters 定义为此

    function computeClusters(obj)

方法计算行和树状图列并更新对象。当然，您可以直接更改此功能，但我不推荐这样做。最好为距离度量和链接开发单独的函数，并使用这些函数来构造 clustergram 对象。

如果您的算法不使用距离和链接，请解释它如何构建树状图。它是否创建与 LINKAGE 函数的输出相同的链接矩阵？如果没有这样的矩阵，我认为即使仅用于可视化也无法使用聚类图。你有一个你的聚类图应该是什么样子的例子吗？也许您可以使用其他更简单函数的 Heatmap 类，例如 < a href="http://www.mathworks.com/help/techdoc/ref/image.html" rel="nofollow">图像 或 IMAGESC。