子类/子类

Question

我有这个类和子类：

类别范围：

def __init__(self, start, end):
    self.setStart(start)
    self.setEnd(end)
def getStart(self):
    return self.start

def setStart(self, s):
    self.start = s
def getEnd(self):
    return self.end
def setEnd(self, e):
    self.end = e
def getLength(self):
    return len(range(self.start, self.end))
def overlaps(self, r):
    if (r.getStart() < self.getEnd() and r.getEnd() >= self.getEnd()) or \
       (self.getStart() < r.getEnd() and self.getEnd() >= r.getEnd()) or \
       (self.getStart() >= r.getStart() and self.getEnd() <= r.getEnd()) or \
       (r.getStart() >= self.getStart() and r.getEnd() <= self.getEnd()):
        return True
    else:
        return False

DNAFeature 类（范围）：

 def __init__(self, 开始, 结束):
            self.setStart(开始)
            self.setEnd(结束)
            self.strand = 无
            self.sequencename = 无
   def getSeqName(self, s):
            返回 self.SeqName
   def setSeqName(self, s):
            self.sequencename = s
   def getStrand(self):
            如果 self.SeqName == '加':
                    返回1
            elif self.SeqName == '减号'：
                    返回-1
            别的：
                    返回0
   def setStrand(self, s):
            self.strand = s

这是我必须做的： 创建一个新类 – GeneModel – 包含一组代表外显子的 DNAFeature 对象，并且是 DNAFeature 的子类。 它应该实现以下方法：
 getFeats() – 返回 DNAFeature 对象的列表，按起始位置排序
 addFeat(feat) – 接受 DNAFeature 专长并将其添加到 DNAFeature 对象的内部组中
 setTranslStart(i) – 接受非负整数，设置起始 ATG 密码子的起始位置
 getTranslStart() – 返回一个 int，即起始 ATG 密码子的起始位置
 setTranslStop(i) – 接受正整数，设置终止密码子的结束位置
 getTranslStop() – 返回一个 int，即终止密码子的结束位置
 setDisplayId(s) – 设置基因模型的名称； s 是一个字符串
 getDisplayId() – 返回基因模型的名称，返回一个字符串，例如，AT1G10555.1 当用户将不正确的类型和值传递给构造函数和“set”方法时，GeneModel 应引发适当的 ValueError 和 TypeError 异常。

我尝试过想到什么就写什么，也读过书，也搜索过如何组合代码，但我对编程很陌生，几乎不明白如何正确编写代码。说实话，这是我第一次上编程课。因此，如果我在代码中犯了任何有趣的错误，请原谅我。我还没有完成我的代码，仍在阅读书籍，看看我的代码在哪里做错了，哪里做对了。然而，我真的需要你的帮助来引导我走上正确的道路。非常感谢你们。下面是我的代码：

类基因模型（DNAFeature）：

 def __init__(self, translstart, translend, displayid):
            self.setTranslStart(translstart)
            self.setTranslStop(translend)
            设置显示ID(显示ID)
   def getFeats():
            结果=[]
            sort.self.getStart()
            返回结果
   def addFeat(壮举):
            self.addFeat = 壮举
            返回 self.getStart+self.getEnd
   def setTranslStart(i):
            self.translstart = self.setStart
            self.translstart = 非负整数
   def getTranslStart():
            返回 self.translstart
   def setTranslStop(i):
            self.translend = self.setEnd
            self.translend =“+”int
   def getTranslStop():
            返回自传
   def setDisplayId(s):
            self.displayid = re.compile('r'\AT1G[0-9]{5,5}\.[0-9]{,1}, IGNORECASE')
   def getDisplayId():
            返回 self.displayid

Answer 1

我不明白基因模型的名字是什么。我认为这是特定于主题的，但我认为这对您有用：

class GenoModel(DNAFeature):

    def __init__(self, start, end):
        self.setStart(start)
        self.setEnd(end)
        self.strand = None
        self.sequencename = None
        self.exons = []
        self.translStart = None
        self.translStop = None
        self.displayId = None

    def getFeats(self):
        self.exons.sort(cmp=self.start)
        return self.exons

    def addFeat(self, f):

        if type(f) == DNAFeature:
            self.exons.append(f)
        else:
            raise TypeError("Cannot add feature as it is not of type DNAFeature")

    def setTranslStart(self, i):

        if type(i) != int:
            raise TypeError("Cannot set translStart as it is not of type int")
        elif i < 0:
            raise ValueError("Cannot set tanslStart to a negative int")
        else:
            self.translStart = i

    def getTranslStart(self):
        return self.translStart

    def setTranslStop(self, i):

        if type(i) != int:
            raise TypeError("Cannot set translStop as it is not of type int")
        elif i <= 0:
            raise ValueError("Cannot set tanslStop to anything less than 1")
        else:
            self.translStop = i

    def getTranslStop(self):
        return self.translStop

    def setDisplayId(self, s):

        if type(s) != str:
            raise TypeError("Cannot set desiplayId as it is not of type string")
        else:
            self.displayId = s

    def getDisplayId(self):
        return self.displayId

希望这会有所帮助。

Answer 2

首先，进行一些清理。我并不完全相信您原来的课程 DNAFeature 实际上是正确的。 DNAFeature 似乎继承自其他一些名为 Range 的类，我们在这里缺少该类，因此如果您有该代码，也请提供它。在那个原始类中，您需要定义变量 SeqName （另外，最好将变量保持小写），否则 self.SeqName 将毫无意义。此外，除非它们是从 Range 类继承的，否则您还应该定义方法“setStart”和“setEnd”。你的吸气剂不应该有任何额外的变量，所以随意将其更改为“def getSeqName(self)”而不是添加“s”。我不确定您的代码还应该做什么，所以我将保留任何进一步的评论。

此外，尽管您在评论中另有说明，但我必须从命名约定（以及我从生物中记得的一点点）中相信您实际上希望 GeneModel 成为一组 DNAFeature 实例的容器。这与子类化 DNAFeature 的 GeneModel 不同。如果我是对的，那么您可以尝试：

class GeneModel(object):

    def __init__(dnafeatures):
        self.dnafeatures = dnafeatures

    def get_features(self):
        return self.dnafeatures

    def add_feature(self, feature):
        self.dnafeatures.append(feature)

这里 dnafeatures 只是 dnafeature 实例的列表。然后，您可以编写方法来访问这些功能并做任何您需要做的有趣的事情。

我的建议是确保您的 DNAFeature 类是正确的，并且您希望如何解决问题的模型（就您的类的作用而言），并在更清晰时再次尝试询问。希望这有帮助！