使用 Awk 或 Cut 打印列？

Question

我正在编写一个脚本，它将采用文件名作为参数，在每行的开头查找一个特定的单词（在本例中为单词 ATOM），然后打印特定列中的值。

$FILE=*.pdb *

if test $# -lt 1
then
 echo "usage: $0 Enter a .PDB filename"
 exit
fi
if test -r $FILE
then
 grep ^ATOM $FILE | awk '{ print $18 }' | awk '{ print NR $4, "\t" $38,}'
else
 echo "usage: $FILE must be readable"
 exit
fi

我无法解决三个问题：

1. 如何使用 awk 只打印包含 ATOM 作为第一个单词的行
2. 如何使用 awk 只打印符合上述条件的行中的某些列，特别是第 2-20 和 38 列-40
3. 如何指示这必须是 pdb 文件？ *.pdb *

Answer 1

1. 那就是

   awk '$1 == "ATOM"' $FILE
   

2. 使用cut可能可以更好地完成该任务：

   <前><代码>grep ^ATOM $FILE |切-c 2-20,38-40

3. 如果您想确保作为第一个参数传递给脚本的文件名以 .pdb 结尾：首先，请不要这样做（文件扩展名在 UNIX 中并不重要），其次，如果您必须这样做，这里有一个方法：

   "${1%%.pdb}" == "$1" && echo“用法：...”&& 1号出口
   

   这采用第一个命令行参数 ($1)，删除后缀 .pdb（如果存在），然后将其与原始命令行参数进行比较。如果它们匹配，则它没有后缀，因此程序会打印一条使用消息并以状态代码 1 退出。

Answer 2

与答案相反，您的任务只需一个 awk 命令即可完成。不需要 grep 或 cut 或...

if [ $# -lt 1 ];then
 echo "usage: $0 Enter a .PDB filename"
 exit
fi
FILE="$1"
case "$FILE" in
*.pdb )

if test -r $FILE
then 
 # do for 2-20 assuming whites paces as column separators
 awk '$1=="ATOM" && NF>18 { 
   printf "%s ",$2
   for(i=3;i<=19;i++){
     printf "%s ",$i
   }
   printf "%s",$20   
 }' "$FILE"
else
 echo "usage: $FILE must be readable"
 exit
fi
;;
*) exit;;
esac

Answer 3

您可以在本机 bash 中执行所需的所有操作，而无需生成任何子进程：

#!/bin/bash

declare    key="ATOM"
declare    print_columns=( 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 38 39 40 )

[ ! -f "${1}" ] && echo "File not found." && exit
[ "${1%.pdb}" == "${1}" ] && echo "File is wrong type." && exit

while read -a columns; do
  if [ ${columns[0]} == ${key} ]; then
    printf "%s " ${key}
    for print_column in ${print_columns[@]}; do
      printf "%s " ${columns[${print_column}]}
    fi
    printf "\n"
  fi
done < ${1}