我如何解决这个与 BioPerl 相关的谜团？

Question

我正在使用 Ubuntu 10.04 和 Perl 5.10.1。 BioPerl 软件包有一些不错的脚本，例如 bp_genbank2gff3.pl，它将文件从 genbank 格式转换为 GFF3 格式。

问题：使用 bp_genbank2gff3.pl 时，我得到了意想不到的结果：基因特征在最后一个 GFF3 列中得到“Name=”而不是“locus_tag=”。

一位亲爱的 BioPerl 邮件列表成员告诉我，他使用 BioPerl 存储库中的最新 BioPerl 版本并获得了正确的结果（“locus_tag=”）。我得到了一份新副本，但它对我不起作用。诡异的！

重现这种情况的步骤：

$ cd ~/src
$ git clone http://github.com/bioperl/bioperl-live.git
$ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
$ cd /tmp
$ wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/Escherichia_coli_E24377A/NC_009789.gbk
$ ~/src/bioperl-live/scripts/Bio-DB-GFF/genbank2gff3.PLS NC_009789.gbk

以下是我生成的 GFF3 中的第 8 行：

NC_009789    GenBank    gene    665    781    .    -    1    ID=EcE24377A_B0001;Dbxref=GeneID:5585816;Name=EcE24377A_B0001

而这与我同事的结果中的同一行：

NC_009789    GenBank    gene    665    781    .    -    1    ID=EcE24377A_B0001;Dbxref=GeneID:5585816;**locus_tag**=EcE24377A_B0001

请注意，我的版本中的“Name=”标记（在该行的末尾）被替换为我同事的“locus_tag=” 我不知道这里发生了什么...相同的输入，大概相同的脚本，但不同的输出（我同事得到的输出是理想的输出）。我们甚至对相同的脚本 (genbank2gff3.PLS) 进行了diff分析。

有什么想法吗？ 谁能看看他是否得到与我或我的同事相同的结果？

Answer 1

查看脚本源：

#?? should gene_name from /locus_tag,/gene,/product,/transposon=xxx
# be converted to or added as  Name=xxx (if not ID= or as well)
## problematic: convert_to_name ($feature); # drops /locus_tag,/gene, tags
convert_to_name($feature); 

在 convert_to_name 中：

elsif ($g->has_tag('locus_tag')) {
    ($gene_id) = $g->get_tag_values('locus_tag');
    $g->remove_tag('locus_tag');
    $g->add_tag_value('Name', $gene_id);
}

所以看起来脚本正在执行它应该执行的操作？