如何避免使用基本图过度绘制（对于点）？

Question

我正在完成论文的图表并决定（在对 stats.stackoverflow 进行讨论之后），为了传输尽可能多的信息，创建以下图表，在前台显示平均值和在后台原始数据：

但是，仍然存在一个问题，那就是过度绘制。例如，标记点看起来反映了一个数据点，但实际上该位置存在 5 个具有相同值的数据点。
因此，我想知道是否有一种方法可以使用points作为函数来处理基本图中的过度绘制。
如果例如各个点变得更暗，或更粗，或者......

手动执行它不是一个选项（太多像这样的图形和点），那将是理想的。此外，ggplot2也不是我想学习处理这个单一问题的东西（一个原因是我倾向于喜欢ggplot2不支持的双轴） 。

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更新：我编写了一个函数，可以自动创建上述图表，并通过添加垂直或水平抖动（或两者）来避免过度绘制：检查一下！

此函数现在可用作 raw.means.plot 和 plotrix 中的 >raw.means.plot2 包（在 CRAN 上）。

Answer 1

标准方法是在绘图之前向数据添加一些噪声。 R 有一个函数 jitter() 正是这样做的。您可以使用它向绘图中的坐标添加必要的噪声。例如：

X <- rep(1:10,10)
Z <- as.factor(sample(letters[1:10],100,replace=T))

plot(jitter(as.numeric(Z),factor=0.2),X,xaxt="n")
axis(1,at=1:10,labels=levels(Z))

Answer 2

除了抖动之外，另一个好的方法是 alpha 混合，您可以将其作为第四个颜色参数（在支持它的图形设备上）获得。我在 这个问题<中提供了两个直方图“重叠绘制”的示例< /a>.

Answer 3

对于显示点数的一般问题的另一个想法是使用地毯图（地毯函数），这会沿着边缘放置小刻度线，可以显示有多少点贡献（仍然使用抖动或 alpha 混合来表示平局）。这允许实际点显示其真实值而不是抖动值，但地毯可以指示绘图的哪些部分具有更多值。

对于示例图，直接抖动或 alpha 混合可能是最好的，但在其他一些情况下，地毯图可能很有用。

Answer 4

你也可以使用sunflowerplot，虽然它很难实现这里。正如 Dirk 所建议的，我会使用 alpha 混合。