ggplot2 地狱与 rpy2-2.0.7 + python 2.6 + r 2.11（Windows 7）

Question

我正在使用 rpy2-2.0.7 （我需要它与 Windows 7 一起使用，并且为较新的 rpy2 版本编译二进制文件是一团糟）将两列数据帧推送到 r 中，在 ggplot2 中创建几个层，然后输出将图像转换为 <.png>。

我已经浪费了无数的时间来摆弄语法；我确实设法输出了我需要的文件，但（愚蠢地）没有注意到并继续摆弄我的代码......

我真诚地感谢任何帮助；下面是一个（简单的）演示示例。非常感谢您的帮助！！！ ~ Eric Butter

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import rpy2.robjects as rob
from rpy2.robjects import r
import rpy2.rlike.container as rlc
from array import array

r.library("grDevices")    # import r graphics package with rpy2
r.library("lattice")
r.library("ggplot2")
r.library("reshape")

picpath = 'foo.png' 

d1 = ["cat","dog","mouse"]
d2 = array('f',[1.0,2.0,3.0])

nums = rob.RVector(d2)
name = rob.StrVector(d1)

tl = rlc.TaggedList([nums, name], tags = ('nums', 'name'))
dataf = rob.RDataFrame(tl)

## r['png'](file=picpath, width=300, height=300)
## r['ggplot'](data=dataf)+r['aes_string'](x='nums')+r['geom_bar'](fill='name')+r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggplot'](data=dataf)
r['aes_string'](x='nums')
r['geom_bar'](fill='name')
r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggsave']()
## r['dev.off']()

*输出只是一个空白图像 (181 b)。

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当我在 ggplot2 中摆弄时，以下是 R 本身抛出的几个常见错误：

r['png'](file=picpath, width=300, height=300)
r['ggplot']()
r['layer'](dataf, x=nums, fill=name, geom="bar")
r['geom_histogram']()
r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggsave'](file=picpath)
r['dev.off']()

*RRuntimeError: Error: No Layers inplot

r['png'](file=picpath, width=300, height=300)
r['ggplot'](data=dataf)
r['aes'](geom="bar")
r['geom_bar'](x=nums, fill=name)
r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggsave'](file=picpath)
r['dev.off']()

*RRuntimeError: Error: When setting 美观，它们可能只采用一个值。问题：填充，x

Answer 1

我仅通过 Nathaniel Smith 的出色小模块 rnumpy 使用 rpy2 （请参阅“API”链接在 rnumpy 主页）。有了这个，你可以这样做：（

from rnumpy import *

r.library("ggplot2")

picpath = 'foo.png' 
name = ["cat","dog","mouse"]
nums = [1.0,2.0,3.0]

r["dataf"] = r.data_frame(name=name, nums=nums)
r("p <- ggplot(dataf, aes(name, nums, fill=name)) + geom_bar(stat='identity')")
r.ggsave(picpath)

我猜测了一些你想要的图的外观，但你明白了。）

另一个很大的便利是使用 ipy_rnumpy 模块从 Python 进入“R 模式”。 （请参阅 rnumpy 主页上的“IPython 集成”链接）。

对于复杂的东西，我通常在 R 中进行原型设计，直到我解决了绘图命令。 rpy2 或 rnumpy 中的错误报告可能会变得非常混乱。

例如，赋值（或其他计算）的结果有时会被打印，即使它应该是不可见的。例如，当分配给大数据帧时，这很烦人。一个快速的解决方法是用一个计算结果很短的尾随语句来结束有问题的行。例如：（

In [59] R> long <- 1:20
Out[59] R>
  [1]   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18
 [19]  19  20

In [60] R> long <- 1:100; 0
Out[60] R> [1] 0

为了消除 rnumpy 中的一些反复出现的警告，我编辑了 rnumpy.py 添加“from warnings import warn”并将“print“process_revents中的错误：忽略””替换为“warn（“process_revents中的错误：忽略”） )'。这样，我每次会话只会看到一次警告。）

Answer 2

在关闭 dev() 之前，你必须先调用它，这意味着你必须在抛出 dev.off() 之前先调用 print() （就像 JD 上面的猜测一样）。

from rpy2 import robjects                          
r = robjects.r                                                                                    
r.library("ggplot2")
robjects.r('p = ggplot(diamonds, aes(clarity, fill=cut)) + geom_bar()') 
r.ggsave('/stackBar.jpeg') 
robjects.r('print(p)')
r['dev.off']()

Answer 3

当您必须绘制更复杂的绘图时，为了使其稍微容易一些：

from rpy2 import robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects.lib.ggplot2 as ggplot2
r = robjects.r
grdevices = importr('grDevices')
p = r('''
  library(ggplot2)

  p <- ggplot(diamonds, aes(clarity, fill=cut)) + geom_bar()
  p <- p + opts(title = "{0}")
    # add more R code if necessary e.g. p <- p + layer(..)
  p'''.format("stackbar")) 
  # you can use format to transfer variables into R
  # use var.r_repr() in case it involves a robject like a vector or data.frame
p.plot()
# grdevices.dev_off()