计数& xTable、Sweave、R、交叉表中的百分比

Question

编辑：根据下面 aL3xa 的答案，我修改了下面的语法。不完美，但越来越接近。我仍然没有找到一种方法让 xtable 接受列或行的 \multicolumn{} 参数。 Hmisc 似乎也在幕后处理一些此类任务，但了解那里发生的事情似乎有点困难。有人对 Hmisc 中的 Latex 函数有经验吗？

ctab <- function(tab, dec = 2, margin = NULL) {
    tab <- as.table(tab)
    ptab <- paste(round(prop.table(tab, margin = margin) * 100, dec), "%", sep = "")
    res <- matrix(NA, nrow = nrow(tab) , ncol = ncol(tab) * 2, byrow = TRUE)
    oddc <- 1:ncol(tab) %% 2 == 1
    evenc <- 1:ncol(tab) %% 2 == 0
    res[,oddc ] <- tab
    res[,evenc ] <- ptab
    res <- as.table(res)
    colnames(res) <- rep(colnames(tab), each = 2)
    rownames(res) <- rownames(tab)
    return(res)
}

我想创建一个针对 LaTeX 输出格式化的表，其中包含每列或变量的计数和百分比。我还没有找到解决这个问题的现成解决方案，但感觉我必须在某种程度上重新创造轮子。

我已经开发了一种用于直接制表的解决方案，但正在努力采用交叉制表的方法。

首先是一些示例数据：

#Generate sample data
dow <- sample(1:7, 100, replace=TRUE)
purp <- sample(1:4, 100, replace=TRUE)
dow <- factor(dow, 1:7, c("Mon", "Tues", "Wed", "Thurs", "Fri", "Sat", "Sun"))
purp <- factor(purp, 1:4, c("Business", "Commute", "Vacation", "Other"))

现在是工作的直接选项卡功能：

customTable <- function(var, capt = NULL){
    counts <- table(var)
    percs <- 100 * prop.table(counts)       

    print(
        xtable(
            cbind(
                Count = counts
                , Percent = percs
            )
        , caption = capt
        , digits = c(0,0,2)
        )
    , caption.placement="top"
    )
}

#Usage
customTable(dow, capt="Day of Week")
customTable(purp, capt="Trip Pupose")

有人对采用此功能进行交叉表（即按旅行目的进行星期几）有任何建议吗？这是我目前编写的内容，它不使用 xtable 库并且几乎可以工作，但不是动态的并且使用起来非常难看：

#Create table and percentages
a <- table(dow, purp)
b <- round(prop.table(a, 1),2)

#Column bind all of the counts & percentages together, this SHOULD become dynamic in future
d <- cbind( cbind(Count = a[,1],Percent =  b[,1])
        , cbind(Count = a[,2], Percent = b[,2])
        , cbind(Count = a[,3], Percent = b[,3])
        , cbind(Count = a[,4], Percent = b[,4])
)

#Ugly function that needs help, or scrapped for something else
crossTab <- function(title){
    cat("\\begin{table}[ht]\n")
    cat("\\begin{center}\n")
    cat("\\caption{", title, "}\n", sep="") 

    cat("\\begin{tabular}{rllllllll}\n")
    cat("\\hline\n")

    cat("", cat("", paste("&\\multicolumn{2}{c}{",colnames(a), "}"), sep = ""), "\\\\\n", sep="")
    c("&", cat("", colnames(d), "\\\\\n", sep=" & "))
    cat("\\hline\n")
    c("&", write.table(d, sep = " & ", eol="\\\\\n", quote=FALSE, col.names=FALSE))

    cat("\\hline\n")
    cat("\\end{tabular}\n")
    cat("\\end{center}\n")
    cat("\\end{table}\n")   
}   

crossTab(title = "Day of week BY Trip Purpose")

Answer 1

在 Tables 包中，只有一行：

# data:
dow <- sample(1:7, 100, replace=TRUE)
purp <- sample(1:4, 100, replace=TRUE)
dow <- factor(dow, 1:7, c("Mon", "Tues", "Wed", "Thurs", "Fri", "Sat", "Sun"))
purp <- factor(purp, 1:4, c("Business", "Commute", "Vacation", "Other"))

dataframe <-  data.frame( dow, purp)

# The packages

library(tables)
library(Hmisc)

# The table
tabular(  (Weekday=dow) ~  (Purpose=purp)*(Percent("row")+ 1)    ,data=dataframe        )

# The latex table
latex(  tabular(  (Weekday=dow) ~  (Purpose=purp)*(Percent("col")+ 1)    ,data=dataframe        ))

使用 booktabs，您会得到以下内容（可以进一步自定义）：

Answer 2

很好的问题，这个问题困扰了我一段时间（这并不难，只是我太懒了......像往常一样）。然而……虽然这个问题很好，但恐怕你的方法却不是。有一个名为 xtable 的无价软件包，您可以（误）使用它。此外，这个问题太常见了 - 互联网上的某个地方很可能已经有一些现成的解决方案。

有一天，我将一劳永逸地解决这个问题（我会将代码发布到 GitHub 上）。主要思想有点像这样：您想要一个单元格内的频率和/或百分比值（用 \ 分隔）或连续具有绝对和相对频率（或％）的行吗？我会选择第二个^nd，所以我现在会发布一个“急救”解决方案：

ctab <- function(tab, dec = 2, ...) {
  tab <- as.table(tab)
  ptab <- paste(round(prop.table(tab) * 100, dec), "%", sep = "")
  res <- matrix(NA, nrow = nrow(tab) * 2, ncol = ncol(tab), byrow = TRUE)
  oddr <- 1:nrow(tab) %% 2 == 1
  evenr <- 1:nrow(tab) %% 2 == 0
  res[oddr, ] <- tab
  res[evenr, ] <- ptab
  res <- as.table(res)
  colnames(res) <- colnames(tab)
  rownames(res) <- rep(rownames(tab), each = 2)
  return(res)
}

现在尝试类似的操作：

data(HairEyeColor)           # load an appropriate dataset
tb <- HairEyeColor[, , 1]    # choose only male respondents
ctab(tb)
      Brown  Blue   Hazel Green
Black 32     11     10    3    
Black 11.47% 3.94%  3.58% 1.08%
Brown 53     50     25    15   
Brown 19%    17.92% 8.96% 5.38%
Red   10     10     7     7    
Red   3.58%  3.58%  2.51% 2.51%
Blond 3      30     5     8    
Blond 1.08%  10.75% 1.79% 2.87%

确保加载了 xtable 包并使用 print （它是一个通用函数，因此您必须传递一个 xtable 类对象）。抑制行名称很重要。我明天将优化这个 - 它应该与 xtable 兼容。在我的时区，现在是凌晨 3 点，所以我将以这些话结束我的回答：

print(xtable(ctab(tb)), include.rownames = FALSE)

干杯！

Answer 3

我无法弄清楚如何使用 xtable 生成多列标题，但我确实意识到我可以连接我的计数和列标题。出于打印目的，将百分比放入同一列中。不理想，但似乎完成了工作。这是我编写的函数：

ctab3 <- function(row, col, margin = 1, dec = 2, percs = FALSE, total = FALSE, tex = FALSE, caption = NULL){
    tab <- as.table(table(row,col))
    ptab <- signif(prop.table(tab, margin = margin), dec)

    if (percs){

        z <- matrix(NA, nrow = nrow(tab), ncol = ncol(tab), byrow = TRUE) 
        for (i in 1:ncol(tab)) z[,i] <- paste(tab[,i], ptab[,i], sep = " ")
        rownames(z) <- rownames(tab)
        colnames(z) <- colnames(tab)

        if (margin == 1 & total){
            rowTot <- paste(apply(tab, 1, sum), apply(ptab, 1, sum), sep = " ")
            z <- cbind(z, Total = rowTot)
        } else if (margin == 2 & total) {
            colTot <- paste(apply(tab, 2, sum), apply(ptab, 2, sum), sep = " ")
            z <- rbind(z,Total = colTot)
        }
    } else {
        z <- table(row, col)    
    }
ifelse(tex, return(xtable(z, caption)), return(z))
}

可能不是最终产品，但确实允许参数具有一定的灵活性。在最基本的层面上，它只是 table() 的包装器，但也可以生成 LaTeX 格式的输出。以下是我最终在 Sweave 文档中使用的内容：

<<echo = FALSE>>=
for (i in 1:ncol(df)){
    print(ctab3(
        col = df[,1]
        , row = df[,i]
        , margin = 2
        , total = TRUE
        , tex = TRUE
        , caption = paste("Dow by", colnames(df[i]), sep = " ")
    ))
}
@

Answer 4

将 multicolumn 与 Hmisc 包中的 latex 结合使用也不错。这个最小的 Sweave 文档：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<echo = FALSE,results = tex>>=
library(Hmisc)
dow <- sample(1:7, 100, replace=TRUE)
purp <- sample(1:4, 100, replace=TRUE)
dow <- factor(dow, 1:7, c("Mon", "Tues", "Wed", "Thurs", "Fri", "Sat", "Sun"))
purp <- factor(purp, 1:4, c("Business", "Commute", "Vacation", "Other"))
tbl <- table(dow,purp)
tbl_prop <- round(100 * prop.table(tbl,1),2)

tbl_df <- as.data.frame.matrix(tbl)
tbl_prop_df <- as.data.frame.matrix(tbl_prop)
colnames(tbl_prop_df) <- paste(colnames(tbl_prop_df),"1",sep = "")
df <- cbind(tbl_df,tbl_prop_df)[,ggplot2:::interleave(1:4,5:8)]
colnames(df) <- rep(c('n','\\%'),times = 4)

latex(object=df,file="",cgroup = colnames(tbl_df),
      colheads = NULL,rowlabel = "",
      center = "centering",collabel.just = rep("r",8))
@

\end{document}

为我生成这个：

显然，我已经硬编码了相当多的内容东西，并且可能有更灵活的方法来生成最终传递给 latex 的数据帧，但这至少应该为使用 multicolum 提供一个开始。

另外，有一个小问题，在组合计数和百分比来交替列时，我使用了 ggplot2 的 interleave 函数。那只是因为我懒。

Answer 5

这对你来说怎么样？

library(reshape)
library(plyr)
df <- data.frame(dow = dow, purp = purp)

df.count <- count(df)
df.count <- ddply(df.count, .(dow), transform, p = round(freq / sum(freq),2))

df.m <- melt(df.count)

df.print <- cast(df.m, dow ~ purp + variable)

library(xtable)
xtable(df.print)

它没有给你很好的多列，而且我没有足够的 xtable 经验来弄清楚这是否可能。但是，如果您要编写自定义函数，您可以尝试对 df.print 的列名称进行操作。您甚至可以编写一个足够通用的代码来将各种方式的重铸数据帧作为输入。

编辑：
只是想到了一个好办法来让你们更接近。创建 df.m 后

df.preprint <- ddply(df.m, .(dow, purp), function(x){
        x <- cast(x, dow ~ variable)
        x$value <- paste(x$freq, x$p, sep = " / ")
        return(c(value = x$value))
     }
)

df.print <- cast(df.preprint, dow ~ purp)

print(xtable(df.print), include.rownames = F)

，现在每个单元格将包含 N / 百分比 值

Answer 6

我意识到这个线程有点旧，但是 reporttools 包中的 tableNominal() 函数可能提供您正在寻找的功能。

Answer 7

tab<-table(row, col)
ctab<-round(100*prop.table(tab,2), 2) # for column percents (see the args for prop.table)

for (i in 1:length(tab)) {
  ctab[i]<-paste(tab[i]," (", ctab[i], "%", ")", sep="")
}

require(xtable);
k<-xtable(ctab,digits=1) # make latex table