如何Sweave 多文件项目？

Question

我正在用 LaTeX 写论文，因为内容有点长，不合我的口味，我把它分成了几个文件。我们将它们称为 thesis.tex、intro.tex、mat_n_met.tex、rslts.tex 和 Discsn.tex。我已通过 链接了 intro.tex、mat_n_met.tex、rslts.tex 和 discsn.tex thesis.tex 与 \include{intro} （等等...）。 我还创建了一个名为 r_crunching.Rnw 的单独文件（我通过 Sweave 运行），其中包含一个运行 R 脚本并进行数据分析的块，以及生成我通过 < 嵌入的图形的 pdf 输出的块。 code>\includegraphics（例如，rslts.tex）。还在关注吗？

如果我运行 Rnw（即我将 rslts.tex 重命名为 rslts.Rnw），而没有使用 R 脚本指向该块的“链接”，您将得到一个 Sweave() 错误，表示 \Sexpr{} 中的引用不存在。有没有办法在不将所有文件合并到单个 .Rnw 中的情况下，在 rslts.Rnw 中调用 \Sexpr{} ？

欢迎使用其他方法来实现这一点。

Answer 1

我建议使用 RStudio (http://www.rstudio.com/ide/)。 Sweave 很好地集成到该 IDE 中，并且支持多文件文档。在处理多文件文档时，甚至 Synctex 和 TeX 错误日志导航仍然有效。

在主文件中，您可以使用以下命令包含子文件

\SweaveInput{Child.Rnw}

包含指令来将子文件链接回主文件

% !Rnw root = Master.Rnw

。您可以通过在子文件中 。这样，当处理子文件并排版时，RStudio 就知道要排版主文件。

有关详细信息，请参阅 RStudio 文档，网址为 http://www.rstudio.com/ide/文档/创作/multiple_rnw_files

Answer 2

暂时忘记您正在处理 Sweave，只需考虑乳胶问题 - \include 和 \includeonly 提供了解决方案。使用一些简单的测试文件尝试一下。

一旦你弄清楚了这一点，将 Sweave 重新融入到混合中，它就可以像 Sweave 那样工作，因为 Sweave “仅仅”是一个预处理步骤，尽管这是一个非常聪明的步骤。

Answer 3

为了扩展 Dirk 和 mjm 的答案，我建议使用 \include 和 Makefiles。

假设您有一个主文件：master.tex。在该文件中，您包含一些 .tex 和 .Rnw 文件，即

\include chapter1
\include chapter2
\include chapter3
....

现在以下 Makefile 提供了用于创建 .tex、的函数>.R 和 .pdf 文件：

.SUFFIXES: .tex .pdf .Rnw .R

MAIN = master
##List your your .Rnw includes
RNWINCLUDES = chapter1 chapter2 chapter3
TEX = $(RNWINCLUDES:=.tex)
RFILES = $(RNWINCLUDES:=.R)
RNWFILES = $(INCLUDES:=.Rnw)

all: $(MAIN).pdf
    $(MAIN).pdf: $(TEX) $(MAIN).tex

R: $(RFILES)

.Rnw.R:
     R CMD Stangle 
lt;

.Rnw.tex:
     R CMD Sweave 
lt;

.tex.pdf:
     pdflatex 
lt;
     bibtex $*
     pdflatex 
lt;
     pdflatex 
lt;

本质上，.SUFFIXES 提供了一组从一种文件格式转换为另一种文件格式的规则。例如，要将 .Rnw 转换为 .R，我们使用命令

`R CMD Stangle 
lt;`

Answer 4

一个相当明显的答案是使用 makefile（可能使用包 cachesweave）以正确的顺序处理相关文件。

Answer 5

我对 Sweave（在 Rstudio 下）中的多文件项目的解决方案如下：

1) 创建一个主文件，例如 master.Rnw，在其中调用子文件 intro。 Rnw、matmet.Rnw 等：

\documentclass[11pt]{book}
% \usepackage{blah, blah} as you wish

\graphicspath{ {./figs/}

\begin{document}
\SweaveOpts{concordance=TRUE}

\include{intro} % a call to 'intro.Rnw'
\include{matmet} % a call to 'matmet.Rnw'
\include{results} % a call to 'results.Rnw'
\include{discuss} % a call to 'discuss.Rnw'

\end{document}

2) 创建子文件。我在这里只给出第一个，intro.Rnw。请注意，在子文件中，您不要使用序言命令，例如 \documentclass 或 \begin{document}

\chapter{Introduction}\label{ch:intro}
\section{This is section 01}
In section 01 we are concerned about whether \texttt{Sexpr} could possibly work. The chunk below creates a variable \em{a} which will be referred to by this command later on.

<<>>=
a <- 1+2
@

Ok, if it is working, we shall see number 3 right here: \Sexpr{a}.

3) 将修改保存在 ' intro.Rnw'，只需转到“master.Rnw”并使用 Ctrl+Shift+K 进行编译，然后...瞧：

上述命令创建的文件的屏幕截图。