R：rJava 软件包安装失败

Question

使用 install.packages("rJava") 命令安装 rJava 时，出现以下错误：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

我安装了 Java JDK，并且 java -version 返回以下内容：

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

当 Google 搜索时对于该错误，我发现其他人也有同样的问题，但除了我所做的“安装整个 JDK，而不仅仅是 JRE”之外，没有找到解决方案。

我读到的另一件事是运行 sudo R CMD javareconf ，它运行得非常愉快，没有错误。

有什么想法我的问题是什么吗？

[[编辑]] 我遇到这个问题已经几个月了。我最初通过编辑 Java 路径解决了这个问题，如我下面发布的答案所示。我最近在新安装的 Ubuntu 上遇到了同样的问题。我尝试了 Dirk 的建议，使用 apt-get 安装 rJava 包。效果非常好。我最初没有意识到的是，使用 Ubuntu apt-get 方法安装软件包与仅使用 R 内部的 install.packages() 加载相同的软件包有本质上的不同。Ubuntu 软件包解决了一些我没有意识到或欣赏的问题。

Answer 1

我所做的在这里：

1. 在 /etc/apt/sources.list 中，添加：

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

注意：rjava 应该是最新版本

2 运行：
sudo apt-get 更新
sudo apt-get install r-cran-rjava

一旦更新了旧版本的rjava，就可以安装rhdfs_1.0.8。

Answer 2

我通过下载让它工作： https://cran. r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz 并运行命令 R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

Answer 3

我在使用 Windows 10 时遇到了同样的问题。我已经使用以下过程解决了该问题：

1. 从 https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp（适用于 64 位 Windows）\安装
2. 从 https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html 对于 64 位 Windows\安装它
3. 然后右键单击桌面\属性\高级系统设置\高级\环境变量\在系统变量下选择路径\单击编辑\单击新建\复制中的“此电脑”图标粘贴路径“C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_201\bin”和“C:\Program Files\Java\jre1.8.0_201\bin”（不带引号）\OK\OK\OK

注意< /strong>：jdk1.8.0_201和jre1.8.0_201将根据Java开发套件和Java的版本而改变

4. 在环境变量窗口中转到用户的用户变量\单击新建\将变量名称设置为“JAVA_HOME”和变量值为“C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_201\bin”\按 OK

要检查安装，请打开 CMD\键入 javac\按 Enter 并
输入java\按回车键
它将显示

在RStudio中运行

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注意：jdk1.8.0_201将根据Java开发套件的版本而变化

现在您可以毫无问题地安装和加载rJava包。

Answer 4

在 Arch Linux 上，我需要安装 openjdk-src 才能使 JNI 路径正常工作。

换句话说，这些是我在成功运行 sudo R CMD javareconf 之前需要安装的软件包：

local/jdk-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 development kit
local/jre-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 full runtime environment
local/jre-openjdk-headless 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 headless runtime environment
local/openjdk-src 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 sources

Answer 5

问题是 rJava 无法安装在 RStudio（版本 1.0.136）中。以下内容对我有用（macOS Sierra 版本 10.12.6）（在 此处< /a>):

第 1 步：从 此处

步骤 2：接下来，从 RStudio 内部运行命令：

install.packages("rJava", type = 'source')

Answer 6

假设你有 sudo 权限，而不是在 Ubuntu 中，包管理器使这变得更容易——我尝试了先前答案的变体，并在非 Ubuntu 的 Databricks 博客上找到了这个 gem (https://kb.databricks.com/r/install-rjava-rjdbc-libraries.html)

1. 安装的 JDK

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

2. 验证 libjvm 的路径。所以; 对我来说 -->

cd /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64 
grep -r libjvm

输出：

Binary file server/libjvm.so matches <<<<<<<<

3. 执行 java 配置

    sudo R CMD javareconf

4. 删除软件包的早期版本并从 RStudio 中的 CRAN 镜像安装“rJava”

5. 重新启动 RStudio

6. 在 RStudio 中验证 libjvm.so 的链接

    dyn.load('/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so')
    library('rJava')

Answer 7

我在 Ubuntu 16.04 上遇到了类似的问题，并且能够通过在 /usr/lib/jvm 中创建一个名为“default-java”的文件夹并将 的所有内容复制到其中来解决该问题>/usr/lib/jvm/java-8-oracle。我选择了这个解决方案，因为纠正 JAVA_HOME 环境变量结果是没有用的。

Answer 8

这就是我让它工作的方式：

在 Linux 中（Ubuntu 16.04 和 20.04 已确认工作）

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

在 R 中：

install.packages("rJava")

Answer 9

谢谢 - 您关于 $JAVA_HOME 的建议引导我找到了类似的解决方案：

unset JAVA_HOME

在调用 R 之前。

Answer 10

我遇到了同样的问题，运行下面的命令后它就起作用了。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

详情请参阅
http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Answer 11

这在 Ubuntu 12.04 和 R 版本 3.0 上对我有用

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

这是具有 jni.h 的目录

接下来创建到另一个所需头文件的软链接（我懒得找出如何在 JAVA_CPPFLAGS 选项中包含多个目录下）：

sudo ln -s linux/jni_md.h .

最后

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Answer 12

以下是我在另一篇文章中的答案 - 错误：无法加载刚才安装的包
（这也与这个问题相关）

对于Linux（Ubuntu）用户：如果您有 oracle-java (7/8) 已安装。它将位于 /usr/lib/jvm 位置，并且需要 sudo 访问权限。

使用以下条目创建文件 /etc/ld.so.conf.d/java.conf：（

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

根据您的 java 版本，将 java-8-oracle 替换为 java-7-oracle）

然后：

sudo ldconfig

重新启动 RStudio，然后安装 rJava 包。

Answer 13

在 AMD64 上的 Gentoo 下运行 R。我升级到R 2.12.0

R版本2.12.0 (2010-10-15)
版权所有 (C) 2010 R 统计计算基金会
ISBN 3-900051-07-0
平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）
那些烦人的信息就消失了。

简·范德米尔

Answer 14

我尝试安装 openjdk-7-* 但在安装 rJava 时仍然遇到问题。结果我重新启动电脑后就没有任何问题了。

所以

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Answer 15

rJava 包查找 /usr/lib/jvm/default-java/ 文件夹。但默认情况下它不可用。该文件夹有一个为系统配置的默认 java 的符号链接。

要激活默认的 java，请安装以下软件包：

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

在 ubuntu 17.04 上使用 CRAN R 3.4.1 进行测试

Answer 16

对我有用的是从文件 /usr/lib/R/etc/javaconf 更改 JAVA_HOME

我首先检查了我启用的 Java 版本：sudo update-alternatives --config java.
就我而言，它是 java-8-oracle

我打开文件 /usr/lib/R/etc/javaconf 并替换 default-java > 由 java-8-oracle ：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

替换为：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

然后 sudo R CMD javareconf

我重新启动了 RStudio，然后可以安装 rJava。

Answer 17

不是

apt-get install r-cran-rjava

更容易吗？您可以在 useR! 上问我:)

Answer 18

原来我的问题是我的 JAVA_HOME 环境变量的问题。是的，我知道令人震惊。我对 PATH 和 JAVA_HOME 的初始设置如下所示：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

我添加了 /jre 所以它现在看起来像这样：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Java 中的一切似乎都可以工作没有 /jre 没问题，但 rJava 就不行。奇怪的。