通过 rpy2 在 Python 中运行测试时出现问题

Question

鉴于我两周前开始编码，我有一种感觉，这将是一个快速解决方案。我尝试在 Python 中运行统计测试 - Mantel，寻找两个距离矩阵之间的相关性，使用已经通过 Rpy2 用 R 编写的函数（？）。 R 模块是“ade4”，它包含“mantel.rtest”

from rpy2 import robjects

import rpy2.robjects as robjects

robjects.r('library(ade4)')
**EDIT** rmantel = robjects.r("mantel.rtest")

for i in windownA:

    M1 = asmatrix(identityA[i]).reshape(14,14)

    for j in windownB:

        M2 = asmatrix(identityB[j]).reshape(14,14)

       **EDIT** result = rmantel (M1, M2, nrepet = 9999)
        print result
        print ' '

编辑：现在可以了！ “这会返回错误：“AttributeError：'R'对象没有属性'mantel'”这使我相信此处调用的对象在“.”处被截断（即“mantel”与完整的“mantel.rtest”）。我尝试将“mantel.rtest”重新分配为不带“.”的对象）。 rmantel =“mantel.rtest” 并替换为 结果 = robjects.r.rmantel (M1, M2, nrepet = 9999) 仅收到错误：“AttributeError：'R'对象没有属性'rmantel'” - 所以这不起作用。关于如何解决这个问题有什么想法吗？”

新问题： Mantel 测试需要“dist”中的数据格式，因此当我运行编辑后的代码时，我收到以下错误“RRuntimeError：函数错误（m1，m2，nrepet = 99）： 因此

，我尝试将文件转换为该格式，当我打印结果时，它是正确大小的矩阵的下半部分，但所有字段都填充为“NA”

robjects.r('library(ade4)')
rmantel = robjects.r("mantel.rtest")

distify = robjects.r("dist")

for i in windownA:

    M1 = asmatrix(identityA[i]).reshape(14,14)
    print distify(M1)
    MOne = distify(M1, 14)

    for j in windownB:

        M2 = asmatrix(identityB[j]).reshape(14,14)
        print distify(M2)
        MTwo = distify(M2, 14)

        result = rmantel(M1, M2, nrepet = 9999)
        print result
        print ' '

我得到“

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

2 NA

3 NA NA

4 NA NA NA

5 NA NA NA NA

6 NA NA NA NA

7 NA NA NA NA NA NA

8 NA NA NA NA NA NA NA

9 NA NA NA NA NA NA NA NA

10 NA NA NA NA NA NA NA NA NA

11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

13 NA NA NA NA NA娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜娜

娜娜

Answer 1

尝试robjects.r['mantel.rtest']：

In [1]: %cpaste
Pasting code; enter '--' alone on the line to stop.
:from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('library(ade4)')
::::::--

In [3]: robjects.r['mantel.rtest']
Out[5]: <RFunction - Python:0xa2aac0c / R:0xac9ec04>

这也有效：

In [8]: robjects.r('mantel.rtest')
Out[8]: <RFunction - Python:0xaf7042c / R:0xac9ec04>

编辑（针对新问题）：
既然你说 mantel.rtest 需要 dist 格式的数据，我想 M1 和 M2 应该是 >dist 格式。但 M1 和 M2 似乎是 numpy 数组。另一方面，MOne 和 MTwo 看起来可能是 dist 格式。

所以也许尝试一下

result = rmantel(MOne, MTwo, nrepet = 9999)

Answer 2

从 rpy2-2.1.x 开始，推荐的简单方法是：

from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')
ade4 = importr('ade4')

result = ade4.mantel_rtest(stats.dist(M1),
                           stats.dist(M2),
                           nrepet)