重新创建 ggplot 的 geom_smooth CI 背景 - 在 R basic 中？

Question

我希望重新创建这个图表：

（来自 此处）

使用 R 基础图形。

我不知道该怎么做。有什么建议吗？

（我的动机是我希望创建一个图，其中线宽（和/或颜色）将反映另一个维度。到目前为止 - ggplot2 是我在 R 中找到的唯一可以说明如何执行此操作的地方。我很高兴成为在基础 R 中也可以做到这一点）

Answer 1

请参阅 help(polygon) 和 example(polygon)（尤其是布朗运动示例）——在某些领域中，变化的宽度非常常见，以显示随时间变化的变化。

demo(graphics) 中也有相同的示例：

## An example showing how to fill between curves.

par(bg="white")
n <- 100
x <- c(0,cumsum(rnorm(n)))
y <- c(0,cumsum(rnorm(n)))
xx <- c(0:n, n:0)
yy <- c(x, rev(y))
plot(xx, yy, type="n", xlab="Time", ylab="Distance")
polygon(xx, yy, col="gray")
title("Distance Between Brownian Motions")

Answer 2

我不知道是否可以在基本图形中精确复制该图形。在网格图形中这是可能的。尽管如此，下面的代码为您提供了一个与您想要的类似的示例。使其适应数据集。

n <- 20
x <- rnorm(n)
y <- rnorm(n)
o <- order(x)
x <- x[o]
y <- y[o]
m <- loess(y~x, span = 1) #ggplot seems to smooth more than default
f <- predict(m, se = TRUE)
ci <- f$se * qt(0.975, f$df)
cih <- f$fit + ci
cil <- f$fit - ci
plot(x,y, ylim = c(min(cil,y), max(cih,y)))
lines(x, f$fit, lwd = 2)
xx <- c(x, rev(x))
yy <- c(cil, rev(cih))
polygon(xx, yy, col="#A9A9A930", border = NA)

Answer 3

好吧，我花了太多时间搞乱这个......注意最后一行是 ggplot 版本，所以你可以比较两者。

#loess and error curves almost just like ggplot2
op <- par(las=1, mar = c(3,3,1,1))
n <- 30
x <- sort(rnorm(n)) #(varying density in predictor)
x <- x + abs(min(x))
x <- x/max(x)*2*pi 
y <- sin(x)+rnorm(n) #(curvy)
m <- loess(y~x)
xx <- seq(min(x), max(x), (max(x)-min(x))/1000) #increase density of values to predict over to increase quality of curve
f <- predict(m, xx, se = TRUE)
ci <- f$se * qt(0.975, f$df)
cih <- f$fit + ci
cil <- f$fit - ci
plot(x,y, ylim = c(min(cil,y), max(cih,y)), cex.axis = 0.85, xlab = '', ylab = '', type = 'n')
title(xlab = 'x', ylab = 'y',line = 2)
grid(col = 'gray')
points(x,y, pch = 19, cex = 0.65)
lines(xx, f$fit, col = 'blue', lwd = 1.2)
xx <- c(xx, rev(xx))
yy <- c(cil, rev(cih))
polygon(xx, yy, col=rgb(0.1,0.1,0.1,0.25), border = NA)
par(op)

#qplot(x,y, geom = 'point') + stat_smooth()

Answer 4

要获得平滑的曲线，请查看 loess 和 predict.loess

Answer 5

GGPlot 中的 geom_ribbon 是您所需要的吗？这将创建一条可变宽度的线。