将networkx图保存为json图的方法？

Question

似乎networkx中应该有一个方法来导出json图形格式，但我没有看到它。我想这应该很容易用 nx.to_dict_of_dicts() 完成，但需要一些操作。有人知道一个简单而优雅的解决方案吗？

Answer 1

这个文档包含完整的描述

一个简单的例子是这样的：

import networkx as nx
from networkx.readwrite import json_graph

DG = nx.DiGraph()
DG.add_edge('a', 'b')
print json_graph.dumps(DG)

您还可以查看 Javascript/SVG/D3 不错将物理添加到图形可视化的示例。

Answer 2

通常我使用以下代码：

import networkx as nx; 
from networkx.readwrite import json_graph;
G = nx.Graph();
G.add_node(...)
G.add_edge(...)
....
json_graph.node_link_data(G)

它将创建 json 格式的图形，其中节点位于 nodes 中，边位于 links 中
除了有关图表的其他信息（方向性等）

Answer 3

这是我刚刚完成的 JSON 方法，以及用于读回结果的代码。它保存节点和边缘属性，以备您需要时使用。

import simplejson as json
import networkx as nx
G = nx.DiGraph()
# add nodes, edges, etc to G ...

def save(G, fname):
    json.dump(dict(nodes=[[n, G.node[n]] for n in G.nodes()],
                   edges=[[u, v, G.edge[u][v]] for u,v in G.edges()]),
              open(fname, 'w'), indent=2)

def load(fname):
    G = nx.DiGraph()
    d = json.load(open(fname))
    G.add_nodes_from(d['nodes'])
    G.add_edges_from(d['edges'])
    return G

Answer 4

试试这个：

# Save graph
nx.write_gml(G, "path_where_graph_should_be_saved.gml")

# Read graph
G = nx.read_gml('path_to_graph_graph.gml')

Answer 5

其余的解决方案对我来说不起作用。来自 networkx 2.2 文档：

nx.write_gpickle(G, "test.gpickle")
G = nx.read_gpickle("test.gpickle")

Answer 6

这是 Abraham Flaxman 对 networkx 2.7 的回答的修改版本：

def save(G, fname):
    nodeArr = []
    for node in list(G.nodes(data=True)):
        print('node:', node)
        nodeArr.append(node)

    edgeArr = []
    for edge in list(G.edges()):
        print('edge:', edge)
        edgeArr.append(edge)

    graphDict = { 'nodes': nodeArr,
                  'edges': edgeArr}
    json.dump(graphDict, open(fname, 'w'), indent=2)

def load(fname):
    G = nx.DiGraph()
    d = json.load(open(fname))
    G.add_nodes_from(d['nodes'])
    G.add_edges_from(d['edges'])
    return G

Answer 7

节点和边的信息是否足够？如果是这样，您可以编写自己的函数：

json.dumps(dict(nodes=graph.nodes(), edges=graph.edges()))