有没有办法获得“子树”来自 hclust ？ (右)

Question

我希望从 hclust 对象创建一个“子树”。

例如，假设我有以下对象：

a <- list()  # initialize empty object
a$merge <- matrix(c(-1, -2,
                    -3, -4,
                     1,  2,
             -5,-6,
             3,4), nc=2, byrow=TRUE ) 
a$height <- c(1, 1.5, 3,4,4.5)    # define merge heights
a$order <- 1:6              # order of leaves(trivial if hand-entered)
a$labels <- 1:6# LETTERS[1:4]    # labels of leaves
class(a) <- "hclust"        # make it an hclust object
plot(a)                     # look at the result   

现在我希望从中提取以下子树：

a <- list()  # initialize empty object
a$merge <- matrix(c(-1, -2,
                    -3, -4,
                     1,  2
                ), nc=2, byrow=TRUE ) 
a$height <- c(1, 1.5, 3)    # define merge heights
a$order <- 1:4             # order of leaves(trivial if hand-entered)
a$labels <- 1:4# LETTERS[1:4]    # labels of leaves
class(a) <- "hclust"        # make it an hclust object
plot(a)                     # look at the result   

我如何访问它？

（我知道 cutree 可以获取子树的对象，但不能创建实际的 hclust 对象）

感谢您的帮助，

Tal

Answer 1

不确定这是否是您要寻找的，但您可以

a <- as.dendrogram(a)
branch1 <- a[[1]]
branch2 <- a[[2]]

par(mfrow=c(1,3))
plot(a)
plot(branch1)
plot(branch2)

Answer 2

如果你有距离矩阵，那么你可能会做类似的事情：

subtree <- function(d, idx) {
  hclust(dist(d[idx, idx]))
}
d <- matrix(rnorm(50 * 50), 50)
s <- subtree(d, sample(1:50, 20))
plot(s)