scipy-cluster 生成的树状图不显示

Question

我正在使用 scipy-cluster 对某些数据生成层次聚类。作为应用程序的最后一步，我将 dendrogram函数绘制聚类图。我使用内置的 Python 2.6.1 和 在 Mac OS X Snow Leopard 上运行这个 matplotlib 包。程序运行良好，但最后火箭飞船图标（据我所知，这是 python 中 GUI 应用程序的启动器）出现并立即消失，没有执行任何操作。什么也没显示。如果我在调用后添加“raw_input”，它就会永远在扩展坞中上下弹跳。如果我从终端运行 matplotlib 的简单示例应用程序，它运行良好。有人有这方面的经验吗？

Answer 1

我在 Ubuntu 10.04 上也遇到了同样的问题。
为了从 ipython 交互式控制台显示图形，请使用“-pylab”开关启动它，这可以交互式使用 matplotlib：

ipython -pylab

要在独立脚本执行期间显示图形，请使用 matplotlib.pyplot.show 调用。这是来自 hcluster 主页的示例，第一行和最后一行是此处的有效位：

from matplotlib.pyplot import show

from hcluster import pdist, linkage, dendrogram
import numpy
from numpy.random import rand

X = rand(10,100)
X[0:5,:] *= 2
Y = pdist(X)
Z = linkage(Y)
dendrogram(Z)

show()

Answer 2

使用“-pylab”开关调用 ipython 对我来说没有什么区别。
（系统：Fedora 13）

虽然并不理想，但我的解决方案是将结果图显式写入文件。
例如：

...
dendrogram(Z)
pylab.savefig( "temp.png" )

希望这对遇到同样问题的人有所帮助。

修正：在 hcluster 包的简短教程中简单使用复制粘贴时要小心，特别是如果您在教程中显示的几种类型的树状图绘制之后调用 pylab.savefig() ，即，则

distMat = # whatever distance matrix you have
dendrogram( linkage( distMat ) )
pylab.savefig( "exampleDendrogram.png" )
dendrogram( linkage( distMat, method="complete" ) ) #instead of default "single"
pylab.savefig( "exampleDendrogram.png" )

exampleDendrogram.png 将包含同一张图中的单连锁树状图和全连锁树状图，它们很可能会交叉，看起来很乱。

如果你像我一样愚蠢，你会花 30-180 分钟对如何正确使用 hcluster 感到困惑，而实际上这只是在树状图调用之间重置 matplotlib 的问题：

distMat = # whatever distance matrix you have
dendrogram( linkage( distMat ) )
pylab.savefig( "exampleDendrogram1.png" )
pylab.cla()
dendrogram( linkage( distMat, method="complete" ) ) #instead of default "single"
pylab.savefig( "exampleDendrogram2.png" )

现在，生成的树状图图像文件将如下所示你期望它们看起来像。

Answer 3

我也遇到过同样的问题。您可以使用以下方法之一

1. 使用 plt.show() ：
   在 dedogram 之后使用 plt.show() ，这将显示绘图
   使用 plt.show

2. 在 jupyter 笔记本中首先使用 %matplotlib 内联。这将显示执行后的情节。
   使用 matplotlib 内联