如果从函数运行，Sweave 无法看到向量？

Question

我有一个函数，它将向量设置为字符串，使用新名称复制 Sweave 文档，然后运行该 Sweave。在Sweave文档中我想使用我在函数中设置的向量，但它似乎没有看到它。

（编辑：我按照 Dirk 的建议更改了此函数以使用 tempdir(()）

我创建了一个 sweave 文件 test_sweave.rnw；

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{gb02413}

\maketitle

<<>>=
ls()
Sys.time()
print(paste("The chosen study was ",chstud,sep=""))
@ 
\end{document}

并且我有此函数；

onOK <- function(){ 
    chstud<-"test" 
    message(paste("Chosen Study is ",chstud,sep="")) 
    newfile<-paste(chstud,"_report",sep="") 
    mypath<-paste(tempdir(),"\\",sep="")
    setwd(mypath) 
    message(paste("Copying test_sweave.Rnw to ",paste(mypath,newfile,".Rnw",sep=""),sep=""))
    file.copy("c:\\local\\test_sweave.Rnw", 
            paste(mypath,newfile,".Rnw",sep=""), overwrite=TRUE) 
    Sweave(paste(mypath,newfile,".Rnw",sep="")) 
    require(tools) 
    texi2dvi(file = paste(mypath,newfile,".tex",sep=""), pdf = TRUE) 
} 

如果我直接从该函数运行代码，则生成的文件具有此输出ls();

> ls()
[1] "chstud" "mypath" "newfile" "onOK"

但是，如果我调用 onOK() 我会得到此输出；

> ls()
[1] "onOK"

并且 print(...chstud...)) 函数会生成错误。

我怀疑这是一个环境问题，但我假设因为对 Sweave 的调用发生在 onOK 函数内，所以它将位于相同的环境中，并且会看到该函数内创建的所有对象。如何让 Sweave 进程查看 chstud 矢量？

谢谢

保罗。

Answer 1

我有类似的问题。最终我找到了一种“适合我”的解决方法，尽管它可能不是解决这个问题的最优雅的方法。

在我的函数中，在执行“Sweave”之前，我放置了一条语句来全局存储本地环境：

temp <<- environment()

使用您的代码示例，它看起来像这样：

testFoo<-function(){    
  foo<-"My Test String"
  temp <<- environment()
  Sweave("test_sweave.Rnw")     
  require(tools)    
  texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE) 
}

rm(foo) testFoo()

然后在要在第一个块的开头进行“Sweaved”的 LaTeX 文件中恢复必要的变量，但您也可以使用“temp$foo”来访问在函数中创建的“foo”变量。这样我就可以避免全局存储多个变量。

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{Paul Hurley}

\maketitle

<<>>=

if(exists("foo", envir=temp)) { print(temp$foo) }
ls()
Sys.time()
@ 
\end{document}

就像我上面写的那样 - 这可以工作，但不是很优雅。

Answer 2

好吧，我意识到我最初关于“简单、独立的示例”的想法并不是特别简单或有用。因此，我重新编写了我的示例，并为自己找到了一种答案，尽管我希望有人解释原因，甚至提出更好的解决方案，
这是我的示例 test_sweave.Rnw 文件

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{Paul Hurley}

\maketitle

<<>>=

if(exists("foo")){print(foo)}
ls()
Sys.time()
@ 
\end{document}

如果我运行此代码；

testFoo<-function(){    
  foo<-"My Test String"     
  Sweave("test_sweave.Rnw")     
  require(tools)    
  texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE) 
}

rm(foo) testFoo()

我的结果文件不包含字符串 foo 的内容。

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
> ls()
[1] "testFoo"

如果我运行这段代码（即相同的东西，直接运行），

rm(foo)
foo<-"My Test String"
Sweave("test_sweave.Rnw")
require(tools) 
texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE)

我的结果文件确实包含 foo 字符串

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
[1] "My Test String"
> ls()
[1] "foo" "testFoo"

，如果我运行这段代码，

testBar<-function(){
    foo<<-"My Test String"
    Sweave("test_sweave.Rnw")
    require(tools) 
    texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE)
}

rm(foo)
testBar()

我的结果文件也包含 foo 字符串

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
[1] "My Test String"
> ls()
[1] "foo" "testBar" "testFoo"

所以，看起来 sweave 在全局环境中运行，不在它被调用的环境中。这意味着当 sweave 从函数运行时将变量传递给 sweave 的唯一方法是使用 <<- 运算符将变量放入全局环境中。 （我认为）。

还有谁想评论一下谁对环境更了解？