如何使用 Java 或 clojure 中的 ImageJ 进行批量图像处理？

Question

我想使用 ImageJ 对几千张图像进行一些处理。

有没有办法采用任何通用 imageJ 插件并将其自动应用于数百张图像？

例如，假设我想拍摄一千张图像并对每张图像应用极坐标变换——

可以在此处找到 ImageJ 的极坐标变换插件：

http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/polar-transformer.html

太棒了！让我们使用它吧。来自：

http://albert.rierol.net/ imagej_programming_tutorials.html#How%20to%20automate%20an%20ImageJ%20dialog

我发现我可以使用以下内容应用插件：

(defn x-polar 
  [imageP]
  (let [thread (Thread/currentThread)
        options ""]
    (.setName thread "Run$_polar-transform")
    (Macro/setOptions thread options)
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "")))

这很好，因为它可以抑制每个图像都会弹出的对话框。但是运行它总是会弹出一个包含转换后的图像的窗口，而我想要的只是返回转换后的图像。

做我想做的事情的最愚蠢的方法是关闭出现的窗口并返回它正在显示的图像。

做了我想要的，但绝对是迟钝的：

(defn x-polar 
  [imageP]
  (let [thread (Thread/currentThread)
        options ""]
    (.setName thread "Run$_polar-transform")
    (Macro/setOptions thread options)
    (IJ/runPlugIn imageP "Polar_Transformer" "")
    (let [return-image (IJ/getImage)]
      (.hide return-image)
      return-image)))

我显然错过了一些关于如何在编程上下文中使用 imageJ 插件的内容。 有谁知道执行此操作的正确方法？

谢谢， ——罗伯特·麦金太尔

Answer 1

不幸的是，在编写 ImageJ 插件时没有考虑到编程用途是很常见的，并且没有一种真正优雅的方法可以在不更改插件代码的情况下解决这个问题。 （您已经发现周围有一些不满意的方法:)）因此，在您的立场上，我只需按以下方式更改 Polar_Transformer.java 中的代码：

http://gist.github.com/452826

...这大致符合 斐济插件设计指南，同时仍然尝试对原始代码进行最小的更改。然后，您只需创建 PlugIn 对象并对其调用 exec(...) 即可提供您想要的选项。 （我还没有真正测试过该补丁，但你明白了。）

我希望这有一些帮助 - 不过，我看到你的问题是前一段时间，所以我想你可能同时找到了一些其他解决方法。