使用 MATLAB 从 mySQL 数据库检索 blob 字段

Question

我正在使用 JDBC 和 mySQL java 连接器 访问公共 mySQL 数据库。 exonCount 为 int(10)，exonStarts 和 exonEnds 为 longblob 字段。

javaaddpath('mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar')
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu';
user = 'genome';
password = '';
dbName = 'hg18'; 
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName);
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
dbConn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString);
gene.Symb = 'CDKN2B';
% Check to make sure that we successfully connected
if isconnection(dbConn)
    qry = sprintf('SELECT exonCount, exonStarts, exonEnds FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene.Symb);
    result = get(fetch(exec(dbConn, qry)), 'Data');
    fprintf('Connection failed: %s\n', dbConn.Message);
end

结果如下：

result = 
    [2]    [18x1 int8]    [18x1 int8]
    [2]    [18x1 int8]    [18x1 int8]

result{1,2}'
ans =
   50   49   57   57   50   57   48   49   44   50   49   57   57   56   54   55   51   44

这是错误的。第二列和第三列中向量的长度应与第一列中的数字匹配。

例如，第一个 blob 应该是 [21992901; 21998673]。我怎样才能转换它？

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更新：

提交此问题后，我认为它可能是字符串的十六进制表示形式。 已经确认：

>> char(result{1,2}')
ans =
21992901,21998673,

所以现在我需要将所有 blob 十六进制数据转换为数字向量。仍在考虑以矢量化方式进行，因为行数可能很大。

Answer 1

这会将结果中除第一列数据之外的所有字符数据转换为数值向量，并将结果放回适当的单元格中：

result(:,2:end) = cellfun(@(x) str2num(char(x'))',...  %# Apply fcn to each cell
                          result(:,2:end),...          %# Input cells
                          'UniformOutput',false);      %# Output as a cell array

Answer 2

我建议使用 textscan

exons = cellfun(@(x) textscan(char(x'),'%d','Delimiter',','),...
result(:,2:end),'UniformOutput',false);

要获取两个数字中每一个的元胞数组，您可以将格式字符串替换为 %d,%d 并删除 Delimiter 选项。

Answer 3

这就是我所做的：

function res = blob2num(x)
res = str2double(regexp(char(x'),'[^,]+','match')');

那么

exons = cellfun(@blob2num,result(:,2:3)','UniformOutput',0)
exons = 
    [2x1 double]    [2x1 double]
    [2x1 double]    [2x1 double]

还有更好的解决方案吗？可能正在检索数据？