BASH 语句单独执行但返回“no such file”在 for 循环中

Question

又一个我找不到答案，感觉我已经疯了。
我有一个 BASH 脚本，使用 for 循环在很多文件（~5000）上运行复杂的命令（许多蛋白质序列比对）。循环生成的语句将在单独给出时执行（即从错误消息复制粘贴到命令提示符），但在循环内返回“没有这样的文件或目录”。下面的脚本；实际上还有几个参数，但这包括一些代表性的参数和文件参数。 <代码>

#!/bin/bash


 # 将目标目录作为 FASTA 序列作为参数传递。
# psiblast 的参数
＃ 常见的
db=本地/db/nr/nr
outfile="/mnt/scratch/psi-blast"
e=0.001
线程=8
itnum=5
pssm="/mnt/scratch/psi-blast/pssm。"
pssm_txt="/mnt/scratch/psi-blast/pssm。"
伪=0
pwa_inclusion=0.002

对于 ${1}/* 中的 i
做
文件名=$(基本名$i)
“本地/ncbi-blast-2.2.23+/bin/psiblast\
 -查询${i}\
 -db $db\
 -out ${outfile}/${文件名}.out\
 -评估$e\
 -num_threads $线程\
 -num_iterations $itnum\
 -out_pssm ${pssm}$文件名\
 -out_ascii_pssm ${pssm_txt}${文件名}.txt\
 -伪计数$伪\
 -inclusion_ethresh $pwa_inclusion"
完毕

运行此脚本会给出“行<'done'之前的最后一行>:<尝试的命令>：没有这样的文件或目录。如果我将尝试的命令粘贴到提示符上，它将运行。
每个命令都需要几分钟才能运行。

Answer 1

尝试不带引号。你忘记了一些斜杠。

for i in ${1}/*
do
filename=$(basename $i)
local/ncbi-blast-2.2.23+/bin/psiblast \
 -query "${i}" \
 -db "$db" \
 -out "${outfile}/${filename}.out" \
 -evalue "$e" \
 -num_threads "$threads" \
 -num_iterations "$itnum" \
 -out_pssm "${pssm}/$filename" \
 -out_ascii_pssm "${pssm_txt}/${filename}.txt" \
 -pseudocount "$pseudo" \
 -inclusion_ethresh "$pwa_inclusion"
done

Answer 2

如果您正在迭代的文件名中有空格，就会发生您所观察到的行为。因此，您需要正确引用文件名，如以下最小示例所示：

#!/bin/bash
for i in *
do
  filename="$(basename "$i")"
  command="ls -lah '$filename'"
  echo "filename=$filename"
  echo "Command = $command"
  eval "$command"
done

Answer 3

使用 for 循环时，向文件名添加引号不会有帮助。为了克服这个问题，每当我需要循环文件名时，我总是执行类似于以下示例的操作：

ls -1 directory | { while read line; do echo $line; done; }