将 python 对象转换为 rpy2

Question

以下代码应该在 rpy2 中创建热图，

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
data = np.random.random((10,10))
r.heatmap(data)    

但是，它会导致以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "z.py", line 8, in <module>
    labRow=rowNames, labCol=colNames)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args]
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

从文档中我了解到 r.heatmap 需要“数字矩阵”。如何将 np.array 转换为所需的数据类型？

Answer 1

您需要添加

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

See more in rpy2 Documentation numpy 部分 (此处适用于较旧的 2.x 版本）

2.2.x 之前仅进口就足够了。

仅导入就足以
切换自动转换
numpy 对象转换为 rpy2 对象。

为什么将其设为可选导入，
虽然它本来可以包含在
函数 py2ri() （如
为此提交的原始补丁
函数）？

虽然两者都是有效且合理的
选项，做出设计决策
为了将 rpy2 与 numpy 解耦
最多，并且不要假设
自动安装 numpy
意味着程序员想要使用
它。

Answer 2

对于 rpy2 2.2.4 我必须添加：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

Answer 3

对于我（2.2.1），以下内容也有效（如 http 上所述： //rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html）：

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri
ro.conversion.py2ri = numpy2ri