Perl 中的 XML::智能解析器

Question

我正在继续使用过时的 生物信息学书籍，我正在尝试使用XML::智能模块。

我怀疑该模块的方法在 6 年的时间里已经发生了变化，而且我对 Perl 没有经验，无法从 cpan 源。注释掉的代码证明了 ncbi.gov 查询功能，我在使用“新”方法时遇到了麻烦 - 它没有解析 XML。我做错了什么？谢谢！

更新 具体来说，我在解析和显示 Id 数组时遇到了麻烦： my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'}; 我在 OSX 终端上运行此脚本，但运行此脚本时没有看到任何 Id。我看到了正确的伯爵。谢谢！

#!/usr/local/bin/perl
# use lib "/Users/fogonthedowns/myperllib";
# use LWP::Simple;
use XML::Smart;
use strict;

#Set base URL for all eutils
my $utils = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils";
my $db = "Pubmed";
my $query ="Cancer+Prostate";
my $retmax = 10;
my $esearch = "$utils/esearch.fcgi?" . 
              "db=$db&retmax=$retmax&term=";

# my $esearch_result = get($esearch.$query);
# print "ESEARCH RESULT: $esearch_result\n";
# print "Using Query: \n$esearch$query\n";
# print "hello world\n";

my $results = XML::Smart->new($esearch.$query,"XML::Parser");
my $count = $results->{eSearchResult}{Count};
my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};
my $all_Id = join("\n", @Id);

print "Count = $count\n";
print "$all_Id\n";

Answer 1

你做错的第一件事是注释掉use strict，第二件事是使用-w而不是use warnings。

当严格打开时，perl 将报告：

在 tmp:test.pl 第 19 行使用“strict subs”时不允许使用裸字“XML::Parser”。

这让我们可以跟踪问题发生的位置。

文档中的示例表示第二个参数（要使用的解析器）应该被引用了，而你还没有引用它。

所以我们改为：

my $results = XML::Smart->new($esearch.$query,"XML::Parser");

……然后它就运行了。

（顺便说一下，该语言被称为“Perl”，而不是“perl”或“PERL”)

Answer 2

将

： my @Id = $results->{eSearchResult}{IdList}{Id}{'@'};

更改为：

my @Id = $results->{eSearchResult} {IdList}{Id}('@');