在 SED/AWK/Perl 一行中使用条件连接 FASTA 文件中的换行符

Question

我有一个看起来像这样的数据

> sq1
foofoofoobar
foofoofoo
> sq2
quxquxquxbar
quxquxquxbar
quxx
> sq3
paxpaxpax
pax

我想做的是将它们连接成一行：

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

我尝试了这段代码但失败了。

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g'

正确的做法是什么？

Answer 1

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

Answer 2

这是使用 sed 执行您想要的操作的一种方法：

sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H'

Answer 3

perl -ne '!/^>/ ? chomp($p) : (chomp $_, $_.=" "); print $p; $p = $_; END{print $p}

...当然，如果需要的话可以写得更短。

Answer 4

这可能对你有用：

sed ':a;$!{N;ba};s/\n//g;s/> sq[0-9]*/\n& /g;s/.//' file

或者这个：

 sed ':a;$!N;s/\n\([^>]\)/\a\1/;ta;s/\a/ /;s///g;P;D' file

或者这个：

 awk -vRS='> sq' '{sub(/^/,RS);sub(/\n/," ");gsub(/\n/,"")};NR>1' file

Answer 5

我能找到的最短的 sed 解决方案：

sed -n '/^>/!{H;$!b};s/$/ /;x;1b;s/\n//g;p'