在 R 中，如何根据另一个对象的类设置 S4 类

Question

我需要从 Bioconductor 的 ShortRead 库创建一个 ShortReadQ 类型的对象。

ShortReadQ 'signature(sread = "DNAStringSet", quality =
          "QualityScore", id = "BStringSet")'

质量槽需要是一个继承自 QualityScore 的对象，我可以轻松地从我希望模拟的另一个 ShortReadQ 对象中确定该对象。

> class(quality(anotherObject))
[1] "SFastqQuality"
attr(,"package")
[1] "ShortRead"

在构造函数参数中使用该信息（“SFastqQuality”）的最佳方法是什么？

newObject<-ShortReadQ(sread=...,
             quality=SFastqQuality(...), 
             id=...)

Answer 1

这是你想要的吗？

quality = new(class(old.quality.obj)[[1]]))

Answer 2

您可能需要 get 函数：

a <- get(class(object))
a(...)

Answer 3

感谢您的回复。他们引导我找到了有效的解决方案

newObject<-ShortReadQ(sread=...,
             quality=new(Class=class(quality(anotherObject)),theFirstParameter=...), 
             id=...)