在 xtable(anova(...)) 中包括模型规格

Question

我有一堆对数线性模型，出于我们的目的，它们只是名为 mx, my, mz 的 glm() 对象。我想要获得一个格式良好的xtable来分析偏差，所以我自然会想要执行xtable(anova(mx, my, mz, test = "Chisq"))< /代码>。

但是，xtable 的普通输出不包括模型规格。我想将这些包含在我正在运行的所有方差分析测试中，因此，如果我缺少一个参数来执行此操作，我可能只需要编写自己的解决方案即可。但查看帮助页面，似乎没有一种简单的方法来包含模型规格。

有什么想法吗？替代品？

如果有帮助的话，这是在 2.9.1 中使用 xtable 1.5-5 完成的。

Answer 1

如果 a 是方差分析表对象，则 attr(a,"heading") 确实包含您正在查找的信息，但我找不到一个好的方法提取它。因此，我查找了 anova.glm 的代码，它引导我找到 anova.lmlist 的代码，以了解他们如何将该信息放入标题中。这启发了以下解决方案：

# fake data
x <- 1:10
y <- x+ rnorm(10)

# two models
m1 <- glm(y~x)
m2 <- glm(y~x+I(x^2))
a <- anova(m1, m2)  # anova object to be printed

# get model formulas
flas <- sapply(list(m1,m2), function(x)paste(deparse(x$formula)))
rownames(a) <- flas  # add formulas as rownames

# convert to latex
xtable(a)

编辑以适应长公式：
如果您的公式很长，则需要进行两处更改：首先我们必须确保 deparse 不会将其分成几行，然后我们需要制作 Latex 将公式包装在表格中。第一个可以通过使用 deparse 的 cutoff.width 参数来实现，第二个可以通过使用 Latex 中的 p{width} 列类型来实现。例如：

# add long formula
m2$formula <- freq ~ sex + attend + birth + politics + sex:attend + sex:birth + 
              sex:politics + attend:birth + attend:politics + birth:politics + 
              sex:attend:birth + sex:attend:politics + sex:birth:politics +
              attend:birth:politics
a <- anova(m1, m2) 

# use a large width
flas <- sapply(list(m1,m2), 
               function(x)paste(deparse(x$formula, cutoff.width=500)))
rownames(a) <- flas  # add formulas as rownames

# convert to latex with first column wrapped in a 5cm wide parbox
xtable(a, align="p{5cm}rrrr")

结果不太漂亮，但你的公式也不太漂亮。在这种特殊情况下，我会使用（性别+出席+出生+政治）^3 - 表达要点并且更短。

Answer 2

我认为您想要获得 LaTeX 表格，但您可以轻松获得带有模型公式的 HTML 表格。

# if we presuppose that <b>a</b> is object from @Aniko's reply
> class(a)
[1] "anova"      "data.frame"
# after doing a bit of that sapply magic you get
> a
Analysis of Deviance Table

Model 1: y ~ x
Model 2: y ~ x + I(x^2)
               Resid. Df Resid. Dev Df Deviance
y ~ x                  8     15.503            
y ~ x + I(x^2)         7     12.060  1   3.4428

你可以这样做：

# load xtable library
library(xtable)
# sink output to html file
sink("~/anova_specs.html")  # suppose you're running R on Linux "~/"
print(xtable(a), type = "html")
sink()

它不像 LaTeX 表格那么漂亮，但它有模型公式......