从 R 中的谱系数据生成树状图

发布于 2024-08-20 16:52:12 字数 445 浏览 5 评论 0原文

有没有办法生成树状图,其中图的每个级别代表一代,并且每个级别仅连接同一父亲的儿子?

我正在尝试使用 R 的 hclust 和绘图函数来生成父子谱系的树状图。期望的结果是一个树状图,其中每一代儿子都被放置在同一行,在他们的父亲之下。

我希望 hclust 和“完整”方法允许我使用相异矩阵为同一父亲的儿子分配 0 相异分数,然后放置在相同的层次结构级别上,排除数据集中的任何其他实体。这不行,同一个级别还有不同辈子的儿子。

非常感谢任何帮助!

这是一些示例数据:

father,son
A、C
A、D
A、E
乙、丙
B、G
C,H
C、我
F,J
F,K
G、L

特工A有三个儿子:C、D、E; 以及 C 的两个孙子:H 和 I。

代理人 B 有两个儿子:F 和 G; 共有三个孙子:J、K、L。

Is there any way to generate a dendrogram where each level of the graph represents a generation and only sons of the same father are connected at each level?

I'm attempting to use R's hclust and plot functions to generate a dendrogram of father-son lineage. The desired result is a dendrogram where each generation of sons is placed on the same line, under their father.

I was hoping that hclust and the "complete" method would allow me to use the dissimilarity matrix to assign sons of the same father a 0 dissimilarity score and then be placed on the same hierarchical level, exclusive from any other entities in the dataset. This doesn't work, there are sons of different generations on the same level.

Any help is greatly appreciated!

Here is some example data:

father,son
A,C
A,D
A,E
B,F
B,G
C,H
C,I
F,J
F,K
G,L

Agent A has three sons: C, D, and E; and two grandsons through C: H and I.

Agent B has two sons: F and G; and a total of three grandsons: J, K, and L.

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评论(1

岁月无声 2024-08-27 16:52:12

你需要这样的东西吗?

“使用 R 和 graphviz 绘制谱系图”赵京华

如果您按作者搜索论文名称,可以从许多来源找到该论文。

Do you need something like this?

"Drawing pedigree diagrams with R and graphviz" by Jing Hua Zhao

If you search for the name of the paper by author it is available from many sources.

~没有更多了~
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