安装所有尚未安装的 CRAN 软件包？

Question

以下 R 命令将安装所有 CRAN 软件包：

availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)

以下命令将列出所有已安装的软件包：

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

我的问题是：如何指示 R 安装所有尚未安装的 CRAN 软件包？

Answer 1

坦率地说，我认为这是一项艰苦的工作......它会持续几天，甚至几周（取决于资源），但这是代码（我只是喜欢做琐碎的事情）：

# get names of installed packages
packs <- installed.packages()
exc <- names(packs[,'Package'])

# get available package names
av <- names(available.packages()[,1])

# create loooong string
ins <- av[!av %in% exc]
install.packages(ins)

我仍然不明白你为什么这样做，但是，嘿...有些事情就是不应该的...
最让我惊讶的是你已经回答了你自己的问题！你已经得到了你需要的东西，接下来就取决于你如何将它们组合在一起......
我们是否错过了重点？你还有别的想法吗？！？

Answer 2

1）你为什么要这么做？其中有超过 3500（截至 2012 年 2 月）？

2）您是否查看了 CRAN 任务视图 和 ctv 包允许您从给定任务安装包？

3）您的粗体问题是一个简单的索引查询，您可以手动执行（除此之外，还请参阅help(sets)）

R> available <- LETTERS                  # a simple set
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)]  # a simple subset
R> available[ ! available %in% installed ]
[1] "K" "L" "M" "N"
R> 

编辑：响应您的关注-up:

a) 如果软件包未通过 Linux 和 Windows 上的“R CMD 检查”，则不会将其上传到 CRAN。那么这项工作就完成了。

b) 正如你将看到的，让所有依赖都归于你自己也是一项工作。我们为 cran2deb 做了这个，它位于 http://debian.cran.r-project.org （它进行成熟的 Debian 软件包构建，而不仅仅是安装）。我们构建了 2150 个软件包中的大约 2050 个。有一些我们因为许可证而拒绝构建，有一些我们因为缺少标头或库而无法构建，还有一些我们无法构建，因为它们需要例如 BioConductor 包。

Answer 3

输入此命令，然后所有软件包将自动安装：

install.packages(available.packages()[,1])

Answer 4

如果您使用更好：

    check.and.install.Package<-function(package_name){
        if(!package_name%in%installed.packages()){
           install.packages(package_name)
        }
     }

调用该函数并检查是否安装了所需的包：

    check.and.install.Package("pkgName")

Answer 5

我已经测试过这个并且它

availablePackages=available.packages()
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1])
installedPackages=.packages(all.available = TRUE)
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages)
for (i in 1:length(missedPackages))
{
pkgName <- missedPackages[i]
install.packages(pkgName)
}
print("END")

有效

Answer 6

根据我的经验，一次性安装所有 R 软件包并不明智！即使您不调用（使用库函数）所有这些包，只要放在主目录中，它们也会减慢您的 R 工作室的速度。至少我的例子就是这样。