从 pymol 中的笛卡尔坐标绘制彩色球体

Question

我在 wiki 中查找如何将以下有关珠子、笛卡尔坐标 + 能量的信息转换为：

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 .......

到 pymol 中的绘图，其中每个原子包含一个球体半径 R，以其坐标为中心，并带有彩虹渐变的颜色。

谢谢

Answer 1

您所渲染的内容实际上与分子结构有关吗（即使用 PyMol 的动机是什么）？

如果您正在绘制一些分子结构，我建议仅输出带有球体坐标的自定义 PDB 文件（您可以使用每个 ATOM 线的 B 因子字段作为控制 PyMol 中每个原子着色的方法）。

如果您不绘制分子结构，那么最好使用 PyMol 的 CGO 界面。

来自 PyMol 文档：

CGO 球体由
SPHERE 命令。

球体，x,y,z,d

其中 x,y,z 是坐标
球心，d 是直径
球体。注意 COLOR 命令如何
用于设置球体的颜色。
与线条一样，您只需要一种颜色
命令当下一个颜色
要绘制的球体发生变化。

一个简单的例子：

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)

Answer 2

我没有得到彩虹渐变位，但关于上面/下面的代码，我必须将其更改为：

import pymol

from pymol.cgo import *

from pymol import (
                    
                    cmd ,
                    )


print('########## PYMOL VERSION ##########################################')
print('         ',  cmd.get_version() )
print('###################################################################')


pymol.finish_launching()

spherelist = [
   [COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30],
   [COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20],
    ]

for i in spherelist:
    
    a = str(spherelist.index(i))

    cmd.load_cgo(i, 'sphere_'+a )

在 Pymol 版本中根据输出：

########## PYMOL VERSION ##########################################
          ('2.3.0',

具有像 spheres_0 和 spheres_1 这样的单对象code> 对象看起来像：

。

必须研究代码才能找出 wiki 中缺少的 load_cgo 中的第三个参数：加载 CGO PyMOLWiki ，但也许 zoom 可以在很多命令中传递，我猜：

cmd.load_cgo(obj , cgo_name , Zoom=0)