使用 cython 扩展 numpy

Question

我正在尝试包装一个头文件，其中包含许多类似

test.h

void test(int N, int* data_in, int* data_out);

的函数，以便我可以使用 numpy 中的函数。

现在我有以下 cython 代码：

test.pyx

import numpy as np
cimport numpy as np

ctypedef np.int_t itype_t

cdef extern from 'VolumeForm.h':
    void _test 'test' (int, int*, int*)

def wrap_test(np.ndarray[itype_t, ndim=2] data):
    cdef np.ndarray[dtype_t, ndim=1] out
    out = np.zeros((data.shape[0],1), dtype=np.double)
    _test(
        data.shape[0],
        <itype_t*> data.data,
        <itype_t*> out.data
    )
    return out

但是，当我尝试编译它时，我收到错误：

Error converting Pyrex file to C:
(...)
Cannot assign type 'test.itype_t *' to 'int *'

如何解决此问题？

Answer 1

这个问题目前正在 Cython 邮件列表上讨论；显然它源于 Cython 库之一中的一个小错误：

http://codespeak.net/ mailman/listinfo/cython-dev

目前，一种可能的解决方法是使用 dtype np.long 的 NumPy 数组，然后改为编写“ctypedef np.long_t itype_t”。然后你只需要让 C 代码满意地使用长整型而不是整型。

Answer 2

另一种解决方法不需要您将 int 更改为 long：将 cdef extern 中的函数签名从“...”< /代码> 块。 Cython 使用 cdef extern 块中的声明仅在生成 .c 文件时检查类型，但生成的 C 代码仅执行 #include "VolumeForm. h"，这样你就可以逃脱惩罚。

import numpy as np
cimport numpy as np

ctypedef np.int_t itype_t

cdef extern from 'VolumeForm.h':
    # NOTE: We changed the int* declarations to itype_t*
    void _test 'test' (int, itype_t*, itype_t*)

def wrap_test(np.ndarray[itype_t, ndim=2] data):
    cdef np.ndarray[dtype_t, ndim=1] out
    out = np.zeros((data.shape[0],1), dtype=np.double)
    _test(
        data.shape[0],
        <itype_t*> data.data,
        <itype_t*> out.data
    )
    return out

Cython 并不抱怨上述情况。