查找哪些重叠群进入 454-Newbler 装配中的任何给定支架
我想应该有一个非常简单的脚本来调用哪些重叠群进入哪些支架。这是由 Newbler 组装的 454 条数据。
谢谢！
I guess there should be a quite simple script for calling which contigs go into which scaffolds. This is 454 data assembled with Newbler.
Thanks!
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评论（2）
感谢您的更正；）
454Scaffolds.txt 文件上的一个简单的“grep”为我提供了以下输出。
-bash-3.2$ grepscaffold10511 454Scaffolds.txt
支架10511 1 1251 1 W 重叠群368342 1 1251 +
脚手架10511 1252 2340 2 N 1089 片段 是
支架10511 2341 3244 3 W重叠群368343 1 904 +
脚手架10511 3245 5704 4 N 2460 片段 是
支架10511 5705 6500 5 W 重叠群368344 1 796 +
脚手架10511 6501 7472 6 N 972 片段 是
支架10511 7473 10932 7 W 重叠群368345 1 3460 +
脚手架10511 10933 11579 8 N 647 片段 是
支架10511 11580 15817 9 W重叠群368346 1 4238 +
支架10511 15818 19635 10 N 3818 片段 是
支架10511 19636 21767 11 W重叠群368347 1 2132 +
脚手架10511 21768 22244 12 N 477 片段 是
支架10511 22245 25733 13 W重叠群368348 1 3489 +
脚手架10511 25734 28642 14 N 2909 片段 是
scaffold10511 28643 32182 15 W contig368349 1 3540 +
据我了解，这个脚手架是基于contig368342-->368349，所以应该回答这个问题;)
Thanks for the corrections ;)
A simple 'grep' on the 454Scaffolds.txt file gives me the folloving output.
-bash-3.2$ grep scaffold10511 454Scaffolds.txt
scaffold10511 1 1251 1 W contig368342 1 1251 +
scaffold10511 1252 2340 2 N 1089 fragment yes
scaffold10511 2341 3244 3 W contig368343 1 904 +
scaffold10511 3245 5704 4 N 2460 fragment yes
scaffold10511 5705 6500 5 W contig368344 1 796 +
scaffold10511 6501 7472 6 N 972 fragment yes
scaffold10511 7473 10932 7 W contig368345 1 3460 +
scaffold10511 10933 11579 8 N 647 fragment yes
scaffold10511 11580 15817 9 W contig368346 1 4238 +
scaffold10511 15818 19635 10 N 3818 fragment yes
scaffold10511 19636 21767 11 W contig368347 1 2132 +
scaffold10511 21768 22244 12 N 477 fragment yes
scaffold10511 22245 25733 13 W contig368348 1 3489 +
scaffold10511 25734 28642 14 N 2909 fragment yes
scaffold10511 28643 32182 15 W contig368349 1 3540 +
As I understands it then this scaffold is based on contig368342-->368349, so that should answer this question ;)
也许你也可以使用 grep -f :)
Maybe you can also use grep -f :)