将绘图对象存储在列表中

Question

昨天我问了这个关于在对象中存储绘图的问题。我尝试实现第一种方法（注意我没有指定我在原始问题中使用 qplot() ），并注意到它没有按预期工作。

library(ggplot2)               # add ggplot2

string = "C:/example.pdf"      # Setup pdf
pdf(string,height=6,width=9)

x_range <- range(1,50)         # Specify Range

# Create a list to hold the plot objects.
pltList <- list()
pltList[]

for(i in 1 : 16){

# Organise data 
y = (1:50) * i * 1000                       # Get y col
x = (1:50)                                  # get x col
y = log(y)                                  # Use natural log

# Regression
lm.0 = lm(formula = y ~ x)                  # make linear model
inter = summary(lm.0)$coefficients[1,1]     # Get intercept
slop = summary(lm.0)$coefficients[2,1]      # Get slope

# Make plot name
pltName <- paste( 'a', i, sep = '' )

# make plot object    
p <- qplot(
    x, y,   
    xlab = "Radius [km]", 
    ylab = "Services [log]",
    xlim = x_range,
    main = paste("Sample",i)
) + geom_abline(intercept = inter, slope = slop, colour = "red", size = 1)        

print(p)     

pltList[[pltName]] = p       
}

# close the PDF file
dev.off() 

在本例中我使用了示例编号，因此如果只是复制代码，代码就会运行。我确实花了几个小时对此感到困惑，但我无法弄清楚出了什么问题。它可以毫无问题地编写第一组 pdf，因此我有 16 个带有正确绘图的 pdf。

然后，当我使用这段代码时：

string = "C:/test_tabloid.pdf"
pdf(string, height = 11, width = 17)

grid.newpage()
pushViewport( viewport( layout = grid.layout(3, 3) ) )

vplayout <- function(x, y){viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)}

counter = 1

# Page 1
for (i in 1:3){    
    for (j in 1:3){     
         pltName <- paste( 'a', counter, sep = '' )   
         print( pltList[[pltName]], vp = vplayout(i,j) )
         counter = counter + 1
     }
 }

 dev.off()

我得到的结果是每个图形上的最后一个线性模型线（abline），但数据没有改变。当我检查绘图列表时，似乎所有绘图都被最新的绘图覆盖（除了 abline 对象）。

一个不太重要的次要问题是如何生成每页上有多个绘图的多页 pdf，但我的代码的主要目标是将绘图存储在我以后可以访问的列表中。

Answer 1

好的，如果您的绘图命令更改为，

p <- qplot(data = data.frame(x = x, y = y),
           x, y,   
           xlab = "Radius [km]", 
           ylab = "Services [log]",
           xlim = x_range,
           ylim = c(0,10),
           main = paste("Sample",i)
           ) + geom_abline(intercept = inter, slope = slop, colour = "red", size = 1)           

那么一切都会按预期进行。这就是我怀疑正在发生的事情（尽管哈德利可能会澄清事情）。当 ggplot2“保存”数据时，它实际上所做的是保存数据框和参数名称。因此，对于我给出的命令，您会得到

> summary(pltList[["a1"]])
data: x, y [50x2]
mapping:  x = x, y = y
scales:   x, y 
faceting: facet_grid(. ~ ., FALSE)
-----------------------------------
geom_point:  
stat_identity:  
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

mapping: group = 1 
geom_abline: colour = red, size = 1 
stat_abline: intercept = 2.55595281266726, slope = 0.05543539319091 
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

然而，如果您没有在 qplot 中指定 data 参数，则所有变量都会在当前范围内求值，因为没有附加（读取：已保存）数据框。

data: [0x0]
mapping:  x = x, y = y
scales:   x, y 
faceting: facet_grid(. ~ ., FALSE)
-----------------------------------
geom_point:  
stat_identity:  
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

mapping: group = 1 
geom_abline: colour = red, size = 1 
stat_abline: intercept = 2.55595281266726, slope = 0.05543539319091 
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

因此，当第二次生成绘图时，它不使用原始值，而是使用 x 和 y 的当前值。

Answer 2

我认为您应该在 qplot 中使用 data 参数，即将向量存储在数据框中。

请参阅 Hadley 的书，第 4.4 节：

对数据的限制很简单：它必须是一个数据框。这是有限制的，与 R 中的其他图形包不同。Lattice 函数可以采用可选的数据帧或直接使用来自全局环境的向量。 ...

数据作为副本而不是引用存储在绘图对象中。这个有两个
重要后果：如果您的数据发生变化，绘图不会发生变化； ggplot2 对象是完全独立的，因此可以将它们保存到磁盘，然后加载并绘制，而不需要该会话中的任何其他内容。

Answer 3

您的代码中存在有关列表下标的错误。 应该

pltList[[pltName]]

不

pltList[pltName]

注意：

class(pltList[1])
[1] "list"

pltList[1]是一个包含pltList第一个元素的列表。

class(pltList[[1]])
[1] "ggplot"

pltList[[1]] 是 pltList 的第一个元素。

Answer 4

对于你的第二个问题：多页 pdf 很容易 - 请参阅 help(pdf)：

 onefile: logical: if true (the default) allow multiple figures in one
          file.  If false, generate a file with name containing the
          page number for each page.  Defaults to ‘TRUE’.

对于你的主要问题，我不明白你是否想存储绘图输入 在列表中供以后处理，或绘图输出。如果是后者，我不确定 plot() 返回一个可以存储和检索的对象。

Answer 5

关于第二个问题的另一个建议是使用 Sweave 或 Brew，因为它们可以让您完全控制如何显示多页 pdf。

查看此相关问题。