更改 ggplot2 barplot 中躲避条的顺序

Question

我有一个数据框 df.all ，我使用下面的代码使用 ggplot2 将其绘制在条形图中。我想做到这一点，以便翻转躲闪条的顺序。也就是说，标记为“单数”的条位于标记为“复数”的条之前。

ggplot(df.all, aes(gram, V1, fill=number)) + 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge") + 
    scale_x_discrete(labels=c("Grammatical","Ungrammatical")) +
    scale_y_continuous(formatter="percent", limits=c(0,1)) +
    facet_grid(. ~ experiment) + 
    scale_fill_hue("Attractor", breaks=c("S","P"), labels=c("Singular","Plural"))

我尝试过 levels(df.all$number) = c("S", "P") 认为 ggplot 可能使用级别的顺序来决定绘图顺序，但事实并非如此不工作。我不知道还能尝试什么。有什么想法吗？

df.all 的内容（如果有用的话）：

> df.all
  number gram     experiment        V1
1      S    G BERIMBAU_AGR_A 0.8133333
2      S    G BERIMBAU_AGR_B 0.8658537
3      S    U BERIMBAU_AGR_A 0.5436242
4      S    U BERIMBAU_AGR_B 0.4597701
5      P    G BERIMBAU_AGR_A 0.8580645
6      P    G BERIMBAU_AGR_B 0.8536585
7      P    U BERIMBAU_AGR_A 0.3087248
8      P    U BERIMBAU_AGR_B 0.3975904

> str(df.all)
'data.frame':   8 obs. of  4 variables:
 $ number    : Factor w/ 2 levels "S","P": 2 2 2 2 1 1 1 1
  ..- attr(*, "scores")= num [1:2(1d)] 0 -1
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 1
  .. .. ..$ : chr  "P" "S"
 $ gram      : Factor w/ 2 levels "G","U": 1 1 2 2 1 1 2 2
 $ experiment: Factor w/ 4 levels "BERIMBAU_AGR_A",..: 1 4 1 4 1 4 1 4
 $ V1        : num  0.813 0.866 0.544 0.46 0.858 ...

Answer 1

我认为 df.all$number 需要是一个有序因子。尝试df.all$number <-ordered(df.all$number)

Answer 2

在某些情况下，我认为这是不可能的：

layerCake<-data.frame(group=c(rep("normal",4),rep("tumor",4)),
                      class=factor(rep(c("exon","intron","intergenic","unmapped"),2),levels=rev(c("exon","intron","intergenic","unmapped")),ordered=TRUE),
                      fraction=c(.02,.25,.50,.23,.015,.20,.555,.23)
)
layerCake[layerCake$group=='normal',"reads"]<-130948403*layerCake[layerCake$group=='normal',"fraction"]
layerCake[layerCake$group=='tumor',"reads"]<-200948403*layerCake[layerCake$group=='tumor',"fraction"]
g<-ggplot(layerCake, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))

堆叠顺序正确：
g+geom_bar(stat="身份",position="堆栈")

闪避顺序不正确：

g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

让我们尝试反转 ggplot 中的顺序：

g<-ggplot(lc, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = -as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))
g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

没有骰子

让我们尝试重新排序数据框

lc <- with(lc, lc[order(-as.numeric(class)), ])
g<-ggplot(lc, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = -as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))
g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

不

Answer 3

哈德利提供了一个解决方案。这是问题和解决方案的复制。

目标是使标有“S”的条位于标有“P”的条之前。默认情况下不会发生这种情况，因为 R 按字母顺序对级别进行排序。

df <- read.csv("http://pealco.net/code/ggplot_dodge/df.txt")
ggplot(df, aes(gram, V1, fill=number))
    + geom_bar(stat="identity", position="dodge")

正如 Hadley 在另一个答案中评论的那样，“您需要根据 x 变量而不是 y 变量重新排序”。虽然我不确定为什么这有效。

要翻转此示例中因子的顺序，您可以将因子转换为数字并乘以 -1。

df <- with(df, df[order(gram, -as.numeric(number)), ])

我仍然想要更多关于为什么 df <- with(df, df[order(gram, -as.numeric(number)), ]) 有效的解释。

Answer 4

改变因子水平确实会改变躲避条的顺序！常见的陷阱：颜色仍然停留在某个位置，所以快速浏览一下，看起来顺序没有改变。但如果您查看这些值，您会发现顺序确实发生了变化。

编辑：我之前的回答仅更改了条形的配色方案顺序。这仍然很有用，因为我们可能经常希望在更改条形顺序的同时反转配色方案：

我使用scale_fill_manual，因为我想手动填充条形的颜色。

ggplot(data, aes_string(x = "countries", y = "population", fill = "agegroups")) +
scale_fill_manual(values = CustomColorFunction(), limits = (levels(data$agegroups)))

花了 5 个小时修改不断变化的因子水平并安排数据框希望这对某人有帮助！