R 和 HDF5 问题

发布于 2024-08-11 04:46:59 字数 1038 浏览 7 评论 0原文

我正在尝试将 hdf5 加载到 R 中并遇到一些问题。以下是我配置环境所采取的步骤：

上的 R 2.10.0 (x64)
Mac OS X 10.6 hdf5 1.8.3
通过来自 CRAN 的 macports hdf5_1.6.9.tar.gz

安装我怀疑我遇到的问题与不兼容有关我的 HDF5 版本和 R 模块期望的版本。为了完整起见，以下是我安装 R 模块的方式：

R CMD 安装 --configure-vars='CPPFLAGS=-I/opt/local/include' --configure-args='--with-hdf5=/opt/local' hdf5_1.6.9.tar.gz< /p>

这构建得很好。该库似乎加载没有问题，但当我尝试加载文件时没有返回数据：

库（hdf5）
hdf5load("test.h5")
空

但是，

osx:data scott$ h5dump test.h5 HDF5“测试.h5”{ 团体 ”/” { 数据集“dset”{ 数据类型 H5T_STD_I32LE 简单数据空间 { ( 31 ) / ( 31 ) } 数据 { (0)：1、2、4、8、16、32、64、128、256、512、1024、2048、4096、8192、（14）：16384、32768、65536、131072、262144、524288、1048576、2097152、 (22): 4194304、8388608、16777216、33554432、67108864、134217728、 (28): 268435456、536870912、1073741824 } } } }

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苦笑流年记忆 2024-08-18 04:46:59

您还可以尝试 CRAN 上的 h5r 包。该软件包使用新的 hdf5 库，并提供比 hdf5 库更多的功能。

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猫卆 2024-08-18 04:46:59

使用 hdfload() 中的 verbosity 参数并使用 ls() 检查您的环境。 hdfload() 有一个副作用，它将表加载到当前环境中，NULL 是默认返回值。如果使用参数 load=TRUE，则对象将作为命名列表的组件返回：

load：逻辑值。如果“假”，
对象返回为
命名列表的组成部分。如果为“TRUE”（默认值），则
对象作为具有自己的单独变量加载
名称 - 在这种情况下该函数不返回任何内容。

在我的 Mac 上，使用相同的设置一切都运行良好。

R> rm(list=ls())
R> ls()
character(0)
R> hdf5load("TestHDF5.h5", verbosity=3)
hdf5_global_verbosity=3 load=1
Processing object: Dataset0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544326
Dataset has tid 201326902
Dataset has space id 268435467
Dataset has rank 1
Dataset has dims/maxdims: 1 / 1 
Allocating vector with rank=1 dim=1
calling vector_io. Hangs here with big datsets
Setting buffer size in plist
About to read with bufsize = 50
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25
leaving string_ref
 Done read
in vector_io: permuting
in vector_io: tidying
Phew. Done it. calling iinfo->add
Rank > 1 or not VECSXP
Calling  hdf5_load_attributes 
back from  hdf5_load_attributes 
...Finished dataset 
Processing object: Table0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544327
Dataset has tid 201326906
Dataset has space id 268435468
Dataset has rank 1
Dataset has dims/maxdims: 1 / 1 
Dataset has type = VECSXP and rank 1
Reading...
....done
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25
leaving string_ref
...Finished dataset 
NULL
R> ls()
[1] "Dataset0" "Table0"

Use the verbosity argument in hdfload() and check your environment using ls(). hdfload() has a side effect, it loads the tables into the current environment, NULL is the default return value. If you use the argument load=TRUE the objects are returned as the components of a named list:

load: A logical value. If 'FALSE',
the objects are returned as the
components of a named list. If 'TRUE' (the default), the
objects are loaded as individual variables with their own
names - the function returns nothing in this case.

On my Mac everything works well with the same setup.

R> rm(list=ls())
R> ls()
character(0)
R> hdf5load("TestHDF5.h5", verbosity=3)
hdf5_global_verbosity=3 load=1
Processing object: Dataset0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544326
Dataset has tid 201326902
Dataset has space id 268435467
Dataset has rank 1
Dataset has dims/maxdims: 1 / 1 
Allocating vector with rank=1 dim=1
calling vector_io. Hangs here with big datsets
Setting buffer size in plist
About to read with bufsize = 50
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25
leaving string_ref
 Done read
in vector_io: permuting
in vector_io: tidying
Phew. Done it. calling iinfo->add
Rank > 1 or not VECSXP
Calling  hdf5_load_attributes 
back from  hdf5_load_attributes 
...Finished dataset 
Processing object: Table0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544327
Dataset has tid 201326906
Dataset has space id 268435468
Dataset has rank 1
Dataset has dims/maxdims: 1 / 1 
Dataset has type = VECSXP and rank 1
Reading...
....done
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25
leaving string_ref
...Finished dataset 
NULL
R> ls()
[1] "Dataset0" "Table0"

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