使用 BioPython 运行 BLAST 查询

发布于 2024-08-10 02:17:23 字数 136 浏览 6 评论 0原文

我想对

几个序列进行 BLAST
从每个查询中检索前 100 个命中左右
池化下载的序列
删除重复项

我如何在 BioPython 中执行此操作？

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我不是你的备胎 2024-08-17 02:17:23

 from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("myfasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
    print result_handle.read()

上面的 myfasta 是您的自定义 seq 文件，它是为 internet BLAST 提供的，

您稍后可以根据需要使用 NCBIXML 来处理 result_handle（即获得前 100 个，删除重复项）

 from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("myfasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
    print result_handle.read()

Above myfasta is your custom seq file which is provided for internet BLAST

you can later play with result_handle using NCBIXML as you wish to (ie to get top 100,remove duplicates)

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