晶格问题：晶格对象来自 JAGS，但无法设置设备

Question

我在 R 中使用 runjags 运行了 JAGS，并得到了一个巨大的列表（本例的命名结果）。

每当我访问结果$密度时，默认石英设备中都会弹出两个点阵图（每个参数一个）。

我需要将它们与 par(mfrow=c(2, 1)) 或类似的方法结合起来，并将它们发送到 pdf 设备。

我尝试过的一切都不起作用。有什么想法吗？

我尝试过 dev.print、pdf() 和 dev.off() 等，但没有成功。

Answer 1

以下是通过操纵网格结构来放弃“V1”面板的方法：

p1 <- results$density$c
p2 <- results$density$m

p1$layout <- c(1,1)
p1$index.cond[[1]] <- 1   # remove second index
p1$condlevels[[1]] <- "c"   # remove "V1"
class(p1) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"

p2$layout <- c(1,1)
p2$index.cond[[1]] <- 1   # remove second index
p2$condlevels[[1]] <- "m"   # remove "V1"
class(p2) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"

library(grid)
layout <- grid.layout(2, 1, heights=unit(c(1, 1), c("null", "null")))
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=layout))
pushViewport(viewport(layout.pos.row=1))
print(p1, newpage=FALSE)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.row=2))
print(p2, newpage=FALSE)
popViewport()
popViewport()

pot of c .trellis() 结果 http://img142.imageshack.us/img142/3272/ctrellisa.png

Answer 2

组合图的最简单方法是使用 results$mcmc 中存储的结果：

# prepare data, see source code of "run.jags"
thinned.mcmc <- combine.mcmc(list(results$mcmc),
                             collapse.chains=FALSE,
                             return.samples=1000)
print(densityplot(thinned.mcmc[,c(1,2)], layout=c(1,2),
                  ylab="Density", xlab="Value"))

Answer 3

例如，对于 run.jags 中包含的示例，使用检查列表的结构

sink("results_str.txt")
str(results$density)
sink()

然后您将看到名为 layout 的组件。每个变量的两个图的布局可以使用设置。

results$density$m$layout <- c(1,2)
print(results$density$m)

不同参数的图可以使用latticeExtra包中的c.trellis方法组合。

class(results$density$m) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"
class(results$density$c) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"
library("latticeExtra")
update(c(results$density$m, results$density$c), layout=c(2,2))

c.trellis 的输出 http://img88.imageshack.us/img88/6481/ctrellis .png

另一种方法是使用 grid 视口：

library("grid")
results$density$m$layout <- c(2,1)
results$density$c$layout <- c(2,1)
class(results$density$m) <- "trellis"
class(results$density$c) <- "trellis"
layout <- grid.layout(2, 1, heights=unit(c(1, 1), c("null", "null")))
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=layout))
pushViewport(viewport(layout.pos.row=1))
print(results$density$m, newpage=FALSE)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.row=2))
print(results$density$c, newpage=FALSE)
popViewport()
popViewport()

网格输出http://img88.imageshack.us/img88/5967/grida.png