使用 Sed 将文本附加到现有的第一行

发布于 2024-08-08 01:09:58 字数 401 浏览 4 评论 0原文

我有一个看起来像这样的数据（FASTA 格式）。注意带有 2 个“>”块标头和序列。

>SRR018006
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

我想要做的是附加一个文本（例如＆gt;标题中的“foo”）让步：

>SRR018006-foo
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006-foo
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

有没有办法使用 SED 来做到这一点？最好是内联修改原始文件。

原文

I have a data that looks like this (FASTA format). Note that
in comes with block of 2 ">" header and the sequence.

>SRR018006
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

What I want to do is to append a text (e.g. "foo" in the > header)
yielding:

>SRR018006-foo
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006-foo
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

Is there a way to do that using SED? Preferably inline modifying
the original file.

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染墨丶若流云 2024-08-15 01:09:58

这将满足您的要求。

sed -ie 's/^\(>.*\)/\1-foo/' file

This will do what you're looking for.

sed -ie 's/^\(>.*\)/\1-foo/' file

回复收藏 0 原文

丑丑阿 2024-08-15 01:09:58

从您之前的帖子来看，您也有使用 awk 的经验：这是一个 awk 解决方案。

# awk '/^>/{print $0"-foo";next}1' file
>SRR018006-foo
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006-foo
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

# awk '/^>/{print $0"-foo";next}1' file > temp
# mv temp file

如果你坚持使用 sed

# sed -e '/^>/s/$/-foo/' file

since judging from your previous post, you are also experienced using awk: here's an awk solution.

# awk '/^>/{print $0"-foo";next}1' file
>SRR018006-foo
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006-foo
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

# awk '/^>/{print $0"-foo";next}1' file > temp
# mv temp file

if you insist on sed