LanguageR/ lme4:对具有随机相关参数的模型的 p 值有任何帮助吗?

发布于 2024-08-07 14:23:49 字数 768 浏览 6 评论 0原文

我使用包 languageR 来实现混合效果模型,其语法在本文末尾。我可以使用 pvals.fnc 获取模型 1 和 3(hd_lmer1hd_lmer2)的 p 值。将其与模型二一起使用会给出以下错误消息:

p2 = pvals.fnc(hd_lmer2) pvals.fnc(hd_lmer2) 中的错误: lme4_0.999375 中尚未实现 MCMC 采样 对于具有随机相关参数的模型

如果有人能帮助我了解如何获取此类模型的 p 值,我将不胜感激。

型号:

hd_lmer1 <- lmer(
  rot ~ time + group + sex + gen + (1 | subject) + (1 | rot.pre),
  data = data_long,
  REML = TRUE
)

hd_lmer2 <- lmer(
  rot ~ time + group + sex + gen + (time | subject) + (1 | rot.pre),
  data = data_long,
  REML = TRUE
)

hd_lmer3 <- lmer(
  rot ~ time * group + sex + gen + (1 | subject) + (1 | rot.pre),
  data = data_long,
  REML = TRUE
)

I use the package languageR for mixed effect models with the syntax at the end of this posting. I can use pvals.fnc to get p-values for models 1 and 3 (hd_lmer1 and hd_lmer2). Using this with model two gives the following error message:

p2 = pvals.fnc(hd_lmer2)
Error in pvals.fnc(hd_lmer2) :
MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375
for models with random correlation parameters

I would be grateful if any one could help me out on how to get p-values for such models.

Models:

hd_lmer1 <- lmer(
  rot ~ time + group + sex + gen + (1 | subject) + (1 | rot.pre),
  data = data_long,
  REML = TRUE
)

hd_lmer2 <- lmer(
  rot ~ time + group + sex + gen + (time | subject) + (1 | rot.pre),
  data = data_long,
  REML = TRUE
)

hd_lmer3 <- lmer(
  rot ~ time * group + sex + gen + (1 | subject) + (1 | rot.pre),
  data = data_long,
  REML = TRUE
)

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评论(1

Bonjour°[大白 2024-08-14 14:23:49

这是一篇旧帖子,但这里有一个可能有帮助的解决方案,使用模型比较方法来测试 hd_lmer2 是否比 hdlmer1 产生更好的拟合(即,随机效应的添加是否显着)。

hdlmer1ml<-update(hdlmer1,REML=FALSE)
hdlmer2ml<-update(hdlmer2,REML=FALSE)

anova(hdlmer2ml,hdlmer1ml)

It is an old post but here is one possible solution that can be helpful, using a model comparison method to test if hd_lmer2 produces a better fit than hdlmer1 (i.e., if the addition of the random effect is significative or not).

hdlmer1ml<-update(hdlmer1,REML=FALSE)
hdlmer2ml<-update(hdlmer2,REML=FALSE)

anova(hdlmer2ml,hdlmer1ml)
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