fclose() 导致分段错误

Question

我正在解析一个制表符分隔的文本文件。它的第一列包含格式为 chrX 的字符串，其中 X 表示一组字符串，例如“1”、“2”、...、“X”、 “是”。

在解析文件时，它们均存储在名为 chromosome 的 char* 中。

文本文件按字典顺序在第一列排序，即，我将有许多行以“chr1”开头，然后是“chr2”等。

在每个“chrX”条目中，我需要打开另一个关联的文件有了这个条目：

FILE *merbaseIn;

// loop through rows...

if (chromosome == NULL)                                                                                                                                                   
    openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN);                                                                                                      
else {                                                                                                                                                                    
    if (strcmp(chromosome, fieldArray[i]) != 0) { // new chromosome                                                                                                   
        fclose(merbaseIn); // close old chromosome FILE ptr                                                                                                                                                                                                                                    
        free(chromosome); // free old chromosome ptr                                                                                                                          
        openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN); // set up new chromosome FILE ptr                                                                  
    }                                                                                                                                                                       
}  
// parse row

我的函数 openSourceFile 定义如下：

void openSourceFile (char** chrome, const char* field, FILE** filePtr, const char *path) {
    char filename[100];                                                                                                                                                           
    *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));
    if (*chrome == NULL) {                                                                                                                                                        
        fprintf(stderr, "ERROR: Cannot allocate memory for chromosome name!");                                                                                                      
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             

    strcpy(*chrome, field);                                                                                                                                                       
    sprintf(filename,"%s%s.fa", path, field);                                                                                                                                     

    *filePtr = fopen(filename, "r");                                                                                                                                              
    if (*filePtr == NULL) {                                                                                                                                                       
        fprintf(stderr, "ERROR: Could not open fasta source file %s\n", filename);                                                                                                  
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             
}      

问题是我的应用程序因从第一个染色体到第二个染色体（从 chr1 > 到 chr2) 在下一行，我关闭了打开的第一个染色体文件：

fclose(merbaseIn);

我知道我没有传递 fclose 一个 NULL 指针，因为直到分段错误，我正在从此文件中读取数据。我什至可以将其包装在条件中，但仍然遇到错误：

if (merbaseIn != NULL) {
    fclose(merbaseIn);
}

此外，我知道 openSourceFile 可以工作（至少对于 chr1 来说，当设置 < 的第一个文件句柄时） code>FILE*），因为我的应用程序解析 chr1 行并正确从 FILE* 源文件读取数据。

这个 fclose 调用是什么导致了分段错误的发生？

Answer 1

valgrind --db-attach=yes --leak-check=yes --tool=memcheck --num-callers=16 --leak-resolution=high ./yourprogram args

段错误很可能是由堆上的内存损坏引起的，而不是影响本地的任何东西。 Valgrind 将立即向您显示您进行的第一个错误访问。

编辑：自 2014 年版本 3.10.0 以来，valgrind 的 --db-attach 选项已被弃用。发行说明指出：

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

http://valgrind.org/docs/manual/manual-core-adv.html #manual-core-adv.gdbserver

Answer 2

我注意到的一个错误是这一行：

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));

应该是：

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field)+1);

这是因为字符串末尾有一个结束 0，您还必须为它腾出空间

Answer 3

最好的猜测是代码的其他部分通过缓冲区溢出或类似的错误破坏了内存。

尽管不太可能是原因，但当完整文件名超过 100 个字符时，文件名数组中可能会出现溢出情况。

我建议使用调试器来监视 merbaseIn 变量使用的内存位置的变化。

Answer 4

通用指针问题

C 是一种很棒的语言，但它确实要求您不要破坏自己的内存。除了前面提到的 malloc 短 1 个字节的问题之外，您可能还会遇到其他指针问题。

我建议使用内存调试器。过去，电围栏相当流行，但现在我了解有关 valgrind 的更多信息。还有很多其他选择。

Answer 5

除了reinier发现的错误之外，我怀疑：

free(chromosome);

应该遵循：

chromosome = NULL;

为了防止潜在使用不再有效的值。

Answer 6

如果只有这个 FILE* filePtr 就足够了，为什么还要这个 FILE** filePtr ？
只是一个想法...

Answer 7

valgrind 和 memcheck 绝对是发现分段错误原因的正确工具。要将调试器与 valgrind 一起使用，请注意，自 Valgrind 3.10.0 发布以来，valgrind 的 --db-attach 选项已被弃用。 2014 年。发行说明指出：

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

http:// /valgrind.org/docs/manual/manual-core-adv.html#manual-core-adv.gdbserver

Answer 8

检查您使用“malloc”的每个地方，看看您是否犯了错误。

例如，我将从文件中读取的行放入 char** 中，但我错误地
将其分配为：

my_list = malloc(sizeof(char) * num_lines_found_in_file);

当它应该是：

my_list = malloc(sizeof(char*)* num_lines_found_in_file);