开发 Sweave 文档的建议

Question

我希望简化我的 Sweave 文档创建过程，并且我想了解人们当前的情况设置。我觉得圣杯是这样的：

• 在一半上编辑 Rnw 代码 screen
• 单键绑定编译 Sweave 文档并运行 pdflatex
• 查看 PDF 在屏幕的另一半；一次 编译后，PDF 会刷新并以您正在编辑的文档部分为中心
• 如果编译有错误，请将 PDF 替换为编译结果（例如 Latex 错误或 Sweave 错误）

我猜测/希望解决方案是 Emacs 的一部分/ESS 与 Emacs 配置文件和/或漂亮的 Makefile 的一些代码相结合。但我真的很想听听每个人创建 Sweave 和/或 Latex 文档的首选方式。

Answer 1

我采访过的其他一些 R 用户使用“每个项目一个目录”设置和一个简单的 Makefile。正如您所怀疑的，这与 Emacs/ESS 配合得很好。

我倾向于只调用一个简单的 shell 脚本 sweave，它是我在添加“R CMD Sweave”之前编写的（因为我发现重新创建或复制 Makefile 没有吸引力，YMMV）。我还使用 Emacs 和自动刷新 pdf 查看器（如 okular 或 kpdf）。 Emacs23也可以直接预览pdf文件，但我还没有将我的工作流程切换到它。

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

Answer 2

您可以使用 Eclipse 的 StatET 插件执行您建议的所有操作。这就是我用于 Sweave 开发的方法；它很好地理解 Latex 和 R，包括语法突出显示等。

您可以在这里获取它： http:// /www.walware.de/goto/statet。

Longhow Lam 写了一篇很好的指南：http://www.splusbook.com/Rintro/R_Eclipse_StatET。 pdf。

http://www.statalgo.com/?p=93

Answer 3

我在 OS X 上使用 TeXShop 来生成所有 LaTeX 和 Sweave 报告。对我来说，新的编译管道就像将一个名为 Sweave.engine 的文件添加到 ~/Library/TeXShop/Engines/ 一样简单，其中包含以下内容：

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

Sweave 现在在 TeXShop 中编译文档的可选方法。我可以通过将以下 TeX hash-bang 添加到文件顶部来将其设置为文档的默认值：

% !TEX TS-program = Sweave

点击 Cmd-T 将排版文档 - pdf 会自动弹出在单独的窗口中。 TeXShop 还结合了 SyncTeX 技术，因此 Rnw 源中的 Cmd-Click 将突出显示PDF 窗口和 PDF 窗口中的 Cmd-Click 将突出显示 Rnw 源中的相应输入。

TeXShop 仅适用于 Mac，但它是一个基于 Qt/poppler 的出色克隆，TeXworks，可用于 Linux 、Windows 和 Mac，并支持许多相同的功能——包括 TeX hash-bangs 和 SyncTeX。 TeXworks 已经达到了成熟的水平，它包含在 Windows 的 MikTeX 软件包的 2.8 版中。

Answer 4

尝试 RStudio。

我一直是 Emacs 和 TeXShop 如之前的答案中所述。

然而，Rstudio 开始赢得我的青睐。它是一个快速改进的 R 专用 IDE。绝对值得一试。

我仍然喜欢在 Mac 版标准 R IDE 中执行某些仅限 R 的开发任务。但对于同时进行 Sweave 文档和一些相关的 R 开发，RStudio 胜出。它的工作原理几乎是零调整。我不确定原始问题后半部分与 PDF 相关的功能。

Answer 5

emacs 中的“自动插入”模式为我节省了一些时间。我已经将其设置为每次打开新的 .rnw 文件时，emacs 都会自动设置一个基本文档模板，而我所需要做的就是开始编写报告。

更新：我已经不再使用自动插入。现在我使用“template.el”方法。

Answer 6

我也使用“每个项目一个目录”和 Makefile 方法。我还包括在 HTML 中创建输出的命令，然后可以使用 tth 将其转换为 OOo 和 MS Word。这对我来说很重要，因为我的很多合作者都是 MS Office 用户，并且不愿意使用 PDF 输出。我从范德比尔特大学 Frank Harrell 的 twiki 中学到了很多关于如何做到这一点的知识。

就我个人而言，我使用 gvim 作为我选择的编辑器，并且从那里运行 make 非常简单，因为它来自 Emacs。