如何运行“dot” 作为来自 Python 的命令？

Question

我在 Mac OSX Leopard 上使用 Python。

我正在尝试从 Python 运行程序“dot”（Graphviz 的一部分）：

# -*- coding: utf-8 -*-
import os

print os.environ['PATH']
print os.system("ls >> a.txt")
print os.system("dot -o9.png -Tpng ./6.dot")

命令“ls”只是为了确保 python 位于正确的目录中。 这是。 我得到的结果是：

/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin 0 32512

我的理解是 32512 错误意味着 python 找不到该文件，并且由于文件 6.dot 在那里（如果我从终端运行“dot -o9.png -Tpng ./6.dot”，我不会收到错误，并且生成了 9.png），我假设 Python 找不到点文件。

我可能需要将点文件添加到路径中。 但我不知道它在哪里。 如果我跑步：

whereis dot

我没有收到任何答复。

如何找到 dot 可执行文件？
或者，我可以从 Python 内部将 dot 程序作为命令运行吗？

Answer 1

whereis 定位手册页，which 定位二进制文​​件。 所以尝试哪个点。

Answer 2

您需要在 Python 环境中添加“dot”可执行文件的路径。 您可以通过修改 os.environ 中的 PATH 变量来做到这一点

Answer 3

试试这个：

# -*- coding: utf-8 -*-
import os
import sys

print os.environ['PATH']

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin"
print os.environ['PATH']

print os.getcwd()

from subprocess import check_call
print check_call(["dot", "-o9.png", "-Tpng", "./6.dot"])

取自问题，尝试在这里保持某种理智。

Answer 4

您应该更改 PATH 行，使其包含包含 dot 的目录。 该目录是 /usr/local/bin，没有 /dot。

Answer 5

疑难解答提示：

添加

print os.getcwd()。

A.在 os.system("dot 等) 之前

只是为了确保当前目录是带有 6.dot 的目录 文件。

确保 dot 程序位于您的路径中。

which dot

C. 使用 dot 的完整路径。 > 在 os.system 命令中进行编程，看看会发生什么。

Answer 6

如果您还使用 Python 生成 Dot 文件，pydot 会以更 Python 的方式执行您想要的操作方式：

import pydot
dot = pydot.Dot()
n1, n2 = pydot.Node("a"), pydot.Node("b")
dot.add_node(n1)
dot.add_node(n2)
dot.add_edge(pydot.Edge(n1,n2))
dot.write_png("graph.png", prog='neato')

Answer 7

通常解决方案就在我们面前，

print os.system("/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng 6.dot")

您也可以尝试指定文件夹中的所有点

import glob
for filedot in glob.glob('*.dot')
    print os.system("/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng %(filedot)s"%locals())
    #print os.system("/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng %s"%filedot)

编辑：

我不记得顺便说一句，如果是

/usr/local/bin/dot -o9.png -Tpng fdot.dot

或

/usr/local/bin/dot -o 9.png -Tpng fdot.dot

Answer 8

两个建议

1. 不要使用 PATH，而是使用“which”来查找可执行文件，而
2. 不是使用“;” （分号）来分隔路径，但使用“：”（冒号）。 一旦你改变了这个，它应该能够找到你的点程序。

把这个改成这个

os.environ['PATH'] += ";"+"/usr/local/bin/dot"

然后

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin"

就好了。

编辑：请注意，我自己忘记从 PATH 变量中删除 /dot （哎呀） - PATH 是冒号分隔的目录列表。

Answer 9

而不是：

print os.system("dot -o9.png -Tpng ./6.dot")

试试这个：

from subprocess import check_call
print check_call("dot -o9.png -Tpng ./6.dot")

如果点程序的退出状态为0，则打印状态。 如果 dot 返回非零状态，则会引发 CalledProcessError （并显示返回的状态）。 如果当前路径中不存在点，则在 Linux 上引发 OSError 或在 Windows 上引发 WindowsError （我不知道在 Mac OS 下引发哪个异常，但我假设 OSError）。

编辑：如果当前路径设置中没有 dot 可执行文件或 6.dot 文件，上面的代码会给您提示。

Answer 10

check_call 不使用与 os.system 相同的语法，因此您应该尝试以这种方式更改相应的行：

print check_call(["dot", "-o9.png", "-Tpng", "./6.dot"])

可执行文件名称是数组中的第一项，并且每个参数必须位于数组的另一项中。 否则，您将总是收到“没有这样的文件”错误，因为您的路径中没有名为“dot -o9.png ...”的可执行文件。

Answer 11

这一行有一个问题：

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin/dot"

您没有将可执行文件的名称放入路径中，而是将包含可执行文件的目录放入其中。 所以应该是：

os.environ['PATH'] += ":"+"/usr/local/bin"

正如另一条评论中指出的，check_call 的参数与 os.system 不同。

Answer 12

如果您使用的是 Spyder 等 GUI，那么您只需将正确的 bin 路径添加到 PYTHONPATH manager 选项菜单中即可。

通过在终端中执行以下操作来搜索脚本位置：

which programname

然后获取该位置（无论它在哪里），减去程序名称，例如：

/home/username/seiscomp3/bin/scart
#this is the section of the path that you use
/home/username/seiscomp3/bin

然后进入 PYTHONPATH manager 选项菜单并添加此路径。 然后重新启动Spyder就可以了。