删除或更新 HDF5 中的数据集？

发布于 2024-07-13 02:23:39 字数 136 浏览 9 评论 0原文

我想以编程方式更改与 HDF5 文件中的数据集关联的数据。我似乎找不到一种方法来按名称删除数据集（允许我使用修改后的数据再次添加它）或按名称更新数据集。我正在使用 HDF5 1.6.x 的 C API，但指向任何 HDF5 API 的指针都会很有用。

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无妨# 2024-07-20 02:23:40

根据用户指南：

HDF5 目前不提供一种简单的机制来从文件中删除数据集或回收已删除对象占用的存储空间。

如此简单的删除似乎是不可能的。但本节继续：

可以使用 H5Ldelete 函数和 h5repack 实用程序。使用 H5Ldelete 函数，可以从文件结构中删除数据集的链接。删除所有链接后，任何应用程序都无法访问该数据集，并且会从文件中有效删除。恢复未链接数据集占用的空间的方法是将文件的所有对象写入新文件。应用程序无法访问任何未链接的对象，并且不会将其包含在新文件中。将对象写入新文件可以使用自定义程序或使用 h5repack 实用程序来完成。

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-柠檬树下少年和吉他 2024-07-20 02:23:40

如果你想在c++中删除一个数据集，你需要以下命令：

H5File m_h5File (pathAndNameToHDF5File, H5F_ACC_RDWR); //The hdf5 c++ object.
std::string channelName = "/myGroup/myDataset";
int result = H5Ldelete(m_h5File.getId(), channelName.data(), H5P_DEFAULT);

如果成功，结果将是一个非负值；否则返回负值。 https://support.hdfgroup.org/HDF5/doc/ RM/RM_H5L.html#Link-Delete

正如@MaxLybbert所说，硬盘空间没有被回收。您必须使用重新打包工具。
但是，使用 HDF5 v.1.10 可以恢复空间。但用户指南尚未准备好： https://support.hdfgroup.org/HDF5 /docNewFeatures/NewFeaturesFileSpaceMgmtDocs.html

If you want to delete a dataset in c++ you need the following commands:

H5File m_h5File (pathAndNameToHDF5File, H5F_ACC_RDWR); //The hdf5 c++ object.
std::string channelName = "/myGroup/myDataset";
int result = H5Ldelete(m_h5File.getId(), channelName.data(), H5P_DEFAULT);

result will be a non-negative value if successful; otherwise returns a negative value. https://support.hdfgroup.org/HDF5/doc/RM/RM_H5L.html#Link-Delete

As @MaxLybbert said, the hard-disk space it is not recoverd. You must use the repack tool.
However, with HDF5 v.1.10 the space can be recovered. But the user's guide is not ready yet: https://support.hdfgroup.org/HDF5/docNewFeatures/NewFeaturesFileSpaceMgmtDocs.html

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