如何优化这个任务系统？

Question

正在做的一个后台系统，其中有个功能是这样的：

0. 背景：每个用户都有一个几万行数据的表格(存储在mongo中）
1. 需要从一个大的表格（几万行）中筛选出所需的数据(每一列都可筛选）
2. 按列筛选后，还可按复选框选择数据，根据所选数据生成一个分析任务。
3. 任务结果页面需要显示出所选的数据，也可以进行进一步筛选/复选/分析

主要问题出现在存储所选数据方面，目前的方案是后端根据前端的一些筛选条件找到所选的数据，把每一行的数据ID存储在mysql中，大致(data_id, task_id), 然后进行后续操作。

这就导致一个问题，存储的这些ID的表越来越大，随着用户越来越多，任务越来越多，这个数据量将会变的巨大。

请问如何优化这种情况，直接存储筛选条件是否可行？

抽象下大概是下面的功能：

将一个几万条数据池分成若干个数据集，用户可以自由创建数据集合。如何存储数据集和数据的对应关系？