有点困惑，cp与mv命令与nautilus的cut

Question

今天安装eclipse的CDT插件时碰到的问题。$ECLIPSE_HOME=~/java/eclipse
我将cdt.tar.gz解压到一个目录，在这个目录生成一个eclipse文件夹，我本想一个简单的
$mv -f eclipse/   ~/java/
就完事.
显示：cannot overwrite ~/java/eclipse
然后我就用鼠标右键的cut和paste了这个解压生成的eclipse文件夹。
重新启动eclipse后，无法找到cdt插件。我查了查plugins和feature文件夹，cdt的包都在。

想了想也不知道出了什么问题。后来我把这些包删除，用：
$cp -r elipse/   ~/java
在重新启动eclipse就找到了CDT插件。
我知道mv,cp inode的区别，可是用inode 的不同似乎也无法解释

请问nautilus的cut,paste有什么特性导致eclipse无法识别那些cdt插件包吗？
为什么mv -f 无法overwrite,nautilus的cut,paste就可以overwrite.