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建议42:使用 pandas 处理大型 CSV 文件

发布于 2024-01-30 22:19:09 字数 8126 浏览 0 评论 0 收藏 0

CSV(Comma Separated Values)作为一种逗号分隔型值的纯文本格式文件,在实际应用中经常用到,如数据库数据的导入导出、数据分析中记录的存储等。因此很多语言都提供了对CSV文件处理的模块,Python也不例外,其模块csv提供了一系列与CSV处理相关的API。我们先来看一下其中几个常见的API:

1)reader(csvfile[, dialect='excel'][, fmtparam]),主要用于CSV文件的读取,返回一个reader对象用于在CSV文件内容上进行行迭代。

参数csvfile,需要是支持迭代(Iterator)的对象,通常对文件(file)对象或者列表(list)对象都是适用的,并且每次调用next()方法的返回值是字符串(string);参数dialect的默认值为excel,与excel兼容;fmtparam是一系列参数列表,主要用于需要覆盖默认的Dialect设置的情形。当dialect设置为excel的时候,默认Dialect的值如下:

class excel(Dialect):
  delimiter = ','       #
单个字符,用于分隔字段
  quotechar = '"'       #
用于对特殊符号加引号,常见的引号为"
  doublequote = True      #
用于控制quotechar
符号出现的时候的表现形式
  skipinitialspace = False  #
设置为true
的时候delimiter 
后面的空格将会忽略
  lineterminator = '\r\n'   #
行结束符
  quoting = QUOTE_MINIMAL   #
是否在字段前加引号,QUOTE_MINIMAL
表示仅当一个字段包
含引号或者定义符号的时候才加引号

2)csv.writer(csvfile, dialect='excel', **fmtparams),用于写入CSV文件。参数同上。来看一个使用例子。

with open('data.csv', 'wb') as csvfile:
  csvwriter = csv.writer(csvfile, dialect='excel',delimiter="|",quotechar='"',
    quoting=csv.QUOTE_MINIMAL)
  csvwriter .writerow(["1/3/09 14:44","'Product1'","1200''","Visa","Gouya"])
                    #
写入行
输出形式为:  1/3/09 14:44|'Product1'|1200''|Visa|Gouya

3)csv.DictReader(csvfile, fieldnames=None, restkey=None, restval=None, dialect='excel', *args, **kwds),同reader()方法类似,不同的是将读入的信息映射到一个字典中去,其中字典的key由fieldnames指定,该值省略的话将使用CSV文件第一行的数据作为key值。如果读入行的字段的个数大于filednames中指定的个数,多余的字段名将会存放在restkey中,而restval主要用于当读取行的域的个数小于fieldnames的时候,它的值将会被用作剩下的key对应的值。

4)csv.DictWriter(csvfile, fieldnames, restval='', extrasaction='raise', dialect='excel', *args, **kwds),用于支持字典的写入。

import csv  
#DictWriter  
with open('test.csv', 'wb')  as csv_file:
#
设置列名称 
    FIELDS = ['Transaction_date', 'Product', 'Price', 'Payment_Type'] 
    writer = csv.DictWriter(csv_file, fieldnames=FIELDS)  
     #
写入列名称
    writer.writerow(dict(zip(FIELDS, FIELDS))) 
    d = {'Transaction_date':'1/2/09 6:17','Product':'Product1','Price':'1200',
         'Payment_Type':'Mastercard'}  
    #
写入一行   Writer.writerow(d)  
with open('test.csv', 'rb') as csv_file:
    for d in csv.DictReader(csv_file):
         print d
    #output d is:{'Product': 'Product1', 'Transaction_date': '1/2/09 6:17', 
         'Price': '1200', 'Payment_Type': 'Mastercard'}

csv模块使用非常简单,基本可以满足大部分需求。但你有没有思考过这个问题:有些应用中需要解析和处理的CSV文件可能有上百MB甚至几个GB,这种情况下csv模块是否能够应付呢?先来做个实验,临时创建一个1GB的CSV文件并将其加载到内存中,看看会有什么问题发生。

>>> f = open('large.csv',"wb")
>>> f.seek(1073741824-1)             #
创建大文件的技巧
>>> f.write("\0")
>>> f.close()
>>> import os
>>> os.stat("large.csv").st_size         #
输出文件的大小
1073741824L
>>> with open("large.csv","rb") as csvfile:
...   mycsv = csv.reader(csvfile,delimiter=';')
...   for row in mycsv:
...       print row
...
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 3, in <module>
MemoryError                  #
发生了内存异常
>>>

上面的例子中当企图读入这个CSV文件的时候抛出了MemoryError异常。这是为什么?因为csv模块对于大型CSV文件的处理无能为力。这种情况下就需要考虑其他解决方案了,pandas模块便是较好的选择。

Pandas即Python Data Analysis Library,是为了解决数据分析而创建的第三方工具,它不仅提供了丰富的数据模型,而且支持多种文件格式处理,包括CSV、HDF5、HTML等,能够提供高效的大型数据处理。其支持的两种数据结构——Series和DataFrame——是数据处理的基础。下面先来介绍这两种数据结构。

Series:它是一种类似数组的带索引的一维数据结构,支持的类型与NumPy兼容。如果不指定索引,默认为0到N-1。通过obj.values()和obj.index()可以分别获取值和索引。当给Series传递一个字典的时候,Series的索引将根据字典中的键排序。如果传入字典的时候同时重新指定了index参数,当index与字典中的键不匹配的时候,会出现时数据丢失的情况,标记为NaN。

在pandas中用函数isnull()和notnull()来检测数据是否丢失。

>>> obj1 = Series([1, 'a', (1,2), 3], index=['a', 'b', 'c', 'd'])
>>> obj1#value
和index
一一匹配
a     1
b     a
c   (1, 2)
d     3
dtype: object
>>> obj2=Series({"Book":"Python","Author":"Dan","ISBN":"011334","Price":25},inde
x=['book','Author','ISBM','Price'])
>>> obj2.isnull()
book     True     #
指定的index
与字典的键不匹配,发生数据丢失
Author  False
ISBM     True     #
指定的index
与字典的键不匹配,发生数据丢失
Price   False
dtype: bool
>>>

DataFrame:类似于电子表格,其数据为排好序的数据列的集合,每一列都可以是不同的数据类型,它类似于一个二维数据结构,支持行和列的索引。和Series一样,索引会自动分配并且能根据指定的列进行排序。使用最多的方式是通过一个长度相等的列表的字典来构建。构建一个DataFrame最常用的方式是用一个相等长度列表的字典或NumPy数组。DataFrame也可以通过columns指定序列的顺序进行排序。

>>> data = {'OrderDate': ['1-6-10', '1-23-10', '2-9-10', '2-26-10', '3-15-10'],
...     'Region': ['East', 'Central', 'Central', 'West', 'East'],
...     'Rep': ['Jones', 'Kivell', 'Jardine', 'Gill', 'Sorvino']}
>>>
>>> DataFrame(data,columns=['OrderDate','Region','Rep'])#
通过字典构建,按照cloumns
指定的顺序排序
  OrderDate   Region    Rep
0  1-6-10   East  Jones
1   1-23-10  Central   Kivell
2  2-9-10  Central  Jardine
3   2-26-10   West   Gill
4   3-15-10   East  Sorvino

Pandas中处理CSV文件的函数主要为read_csv()和to_csv()这两个,其中read_csv()读取CSV文件的内容并返回DataFrame,to_csv()则是其逆过程。两个函数都支持多个参数,由于其参数众多且过于复杂,本节不对各个参数一一介绍,仅选取几个常见的情形结合具体例子介绍。下面举例说明,其中需要处理的CSV文件格式如图4-2所示。

图4-2 CSV文件示例

1)指定读取部分列和文件的行数。具体的实现代码如下:

>>> df = pd.read_csv("SampleData.csv",nrows=5,usecols=['OrderDate','Item','Total
'])
>>> df
  OrderDate  Item   Total
0  1-6-10  Pencil  189.05
1   1-23-10  Binder  999.50
2  2-9-10  Pencil  179.64
3   2-26-10   Pen  539.73
4   3-15-10  Pencil  167.44

方法read_csv()的参数nrows指定读取文件的行数,usecols指定所要读取的列的列名,如果没有列名,可直接使用索引0、1、...、n-1。上述两个参数对大文件处理非常有用,可以避免读入整个文件而只选取所需要部分进行读取。

2)设置CSV文件与excel兼容。dialect参数可以是string也可以是csv.Dialect的实例。如果将图4-2所示的文件格式改为使用“|”分隔符,则需要设置dialect相关的参数。error_bad_lines设置为False,当记录不符合要求的时候,如记录所包含的列数与文件列设置不相等时可以直接忽略这些列。下面的代码用于设置CSV文件与excel兼容,其中分隔符为“|”,而error_bad_lines=False会直接忽略不符合要求的记录。

>>> dia = csv.excel()
>>> dia.delimiter="|"              #
设置分隔符
>>> pd.read_csv("SD.csv")
   OrderDate|Region|Rep|Item|Units|Unit Cost|Total
0      1-6-10|East|Jones|Pencil|95|1.99 |189.05
1  1-23-10|Central|Kivell|Binder|50|19.99 |999.50...
>>> pd.read_csv("SD.csv",dialect = dia,error_bad_lines=False)
Skipping line 3: expected 7 fields, saw 10   #
所有不符合格式要求的列将直接忽略
  OrderDate Region  Rep  Item  Units  Unit Cost   Total
0  1-6-10   East  Jones  Pencil   95     1.99  189.05
>>>

3)对文件进行分块处理并返回一个可迭代的对象。分块处理可以避免将所有的文件载入内存,仅在使用的时候读入所需内容。参数chunksize设置分块的文件行数,10表示每一块包含10个记录。将参数iterator设置为True时,返回值为TextFileReader,它是一个可迭代对象。来看下面的例子,当chunksize=10、iterator=True时,每次输出为包含10个记录的块。

>>> reader = pd.read_table("SampleData.csv",chunksize=10,iterator=True)
>>> reader
<pandas.io.parsers.TextFileReader object at 0x0314BE70>
>>> iter(reader).next()                 #
将TextFileReader 
转换为迭代器并调用next
方法
   OrderDate,Region,Rep,Item,Units,Unit Cost,Total  #
每次读入10
行
0    1-6-10,East,Jones,Pencil,95, 1.99 , 189.05
1  1-23-10,Central,Kivell,Binder,50, 19.99 , 999.50
2   2-9-10,Central,Jardine,Pencil,36, 4.99 , 179.64
3     2-26-10,Central,Gill,Pen,27, 19.99 , 539.73
4   3-15-10,West,Sorvino,Pencil,56, 2.99 , 167.44
5    4-1-10,East,Jones,Binder,60, 4.99 , 299.40
6  4-18-10,Central,Andrews,Pencil,75, 1.99 , 149.25
7   5-5-10,Central,Jardine,Pencil,90, 4.99 , 449.10
8   5-22-10,West,Thompson,Pencil,32, 1.99 , 63.68
9    6-8-10,East,Jones,Binder,60, 8.99 , 539.40

4)当文件格式相似的时候,支持多个文件合并处理。以下例子用于将3个格式相同的文件进行合并处理。

>>> filelst = os.listdir("test")
>>> print filelst                        #
同时存在3
个格式相同的文件
['s1.csv', 's2.csv', 's3.csv']
>>> os.chdir("test")
>>> dfs =[pd.read_csv(f) for f in filelst]
>>> total_df = pd.concat(dfs)                  #
将文件合并
>>> total_df
   OrderDate   Region     Rep   Item  Units  Unit Cost     Total
0   1-6-10   East   Jones   Pencil   95     1.99    189.05
1  1-23-10  Central  Kivell   Binder   50    19.99     999.5

了解完pandas后,读者可以自行实验一下使用pandas处理前面生成的1GB的文件,看看还会不会抛出MemoryError异常。

在处理CSV文件上,特别是大型CSV文件,pandas不仅能够做到与csv模块兼容,更重要的是其CSV文件以DataFrame的格式返回,pandas对这种数据结构提供了非常丰富的处理方法,同时pandas支持文件的分块和合并处理,非常灵活,由于其底层很多算法采用Cython实现运行速度较快。实际上pandas在专业的数据处理与分析领域,如金融等行业已经得到广泛的应用。

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