OHDSI-B5-2020 最终版 PDF 文档

发布于 2024-03-26 21:34:22 字数 5244 浏览 21 评论 0

这是一本关于观察性健康医疗数据科学与信息学（Observational Health Data Sciences and Informatics），简称 OHDSI 的书。OHDSI 社区编写此书的目的是希望其能够成为所有 OHDSI 内容的核心知识库， OHDSI 团队会使用开源工具维护并持续更新本书。

本书的目标

本书旨在成为 OHDSI 的核心知识库，主要描述了 OHDSI 小区、OHDSI 数据标准和 OHDSI 软件工具。它对于新手和有经验的使用者都同样适用。它具有很强的实用性，并提供了必要的理论基础及如何操作的一系列说明。读完本书之后，你将理解什么是 OHDSI，以及如何加入我们的工作。你将了解什么是通用数据模型(Common Data Model, CDM) 和标准术语集(Standard Vocabularies) 等概念，并学习如何使用它们来标准化观察性健康医疗数据。

同时你将学习到这些数据的三种应用案例：临床表征、群体水平评估及患者水平的预测。你将会了解到 OHDSI 的开源工具是如何帮助实现这些案例的，同时学习如何使用它们。关于数据质量、临床有效性、软件有效性及方法有效性的章节将会解释如何评估所获得证据的质量。最后，你将学习到如何在分布式协作研究网络中使用 OHDSI 工具来完成这些研究。

第一章 OHDSI 社区 ..... 1
1.1 从数据到证据的旅程 .... 1
1.2 观察性医疗结果合作组织 .. 2
1.3 OHDSI 作为一个开放科学的合作社区 .. 3
1.4 OHDSI 的进展 3
1.5 在 OHDSI 中进行合作 . 5
1.6 总结 . 5
参考文献 5
第二章从哪里开始 . 8
2.1 加入探索 ... 8
2.2 怎样融入 . 12
2.3 总结 ..... 14
第三章开放科学.... 15
3.1 开放科学 . 15
3.2 行动中的开放科学：研究马拉松.... 16
3.3 开放的标准 ... 16
3.4 开放的源代码 .... 16
3.5 开放的数据 ... 17
3.6 开放性讨论 ... 17
3.7 OHDSI 和 FAIR 指导原则. 17
参考文献 .... 19
第四章通用数据模型 ... 21
4.1 设计原理 . 21
4.2 数据模型约定 .... 22
4.3 CDM 标准化表 .. 27
4.4 其他信息 . 41
4.5 总结 ..... 41
4.6 练习题 41
第五章标准化术语集 ... 43
5.1 为什么需要术语集，为什么要进行标准化 .... 43
5.2 概念 ..... 44
5.3 关联性 50
5.4 层级结构 . 53
5.5 内部参考表 ... 54
5.6 特殊情形 . 54
5.7 总结 ..... 56
目录
5.8 练习 ..... 56
第 6 章 ETL 技术 .... 57
6.1 简介 ..... 57
6.2 步骤 1：设计 ETL ... 57
6.3 步骤 2：创建代码映射 ..... 62
6.4 步骤 3: ETL 实施 ..... 68
6.5 步骤 4: 质量控制 ... 68
6.6 ETL 约定及 THEMIS .... 69
6.7 CDM 及 ETL 维护 ... 69
6.8 ETL 最终思考 70
6.9 总结 ..... 14
6.10 练习 .. 71
第七章数据分析用例 . 73
7.1 特征 ..... 73
7.2 群体水平评估 .... 74
7.3 患者水平预测 .... 75
7.4 高血压方面的应用案例 .... 75
7.5 观察研究的局限性 .. 76
7.6 总结 ..... 77
7.7 练习 ..... 77
参考文献 .... 77
第八章 OHDSI 分析工具 78
8.1 分析方法 . 78
8.2 分析策略 . 79
8.3 ATLAS . 79
8.4 Methods 库 .. 81
8.5 部署策略 . 86
8.6 总结 ..... 87
参考文献 .... 87
第九章 SQL 和 R . 89
9.1 SqlRender .... 89
9.2 DatabaseConnector . 96
9.3 查询 CDM..... 98
9.4 使用词汇进行查询 .... 101
9.5 QueryLibrary . 101
9.6 设计一个简单的研究 ..... 102
9.7 使用 SQL 和 R 实施研究 .... 103
9.8 总结 .. 108
目录
9.9 练习 .. 108
参考文献 . 108
第十章队列定义 ... 109
10.1 队列是什么 ... 109
10.2 基于规则的队列定义 ... 110
10.3 概念集 111
10.4 概率队列定义 .... 112
10.5 队列建立的有效性 . 112
10.6 定义一个高血压队列 ... 113
10.7 使用 ATLAS 建立队列 . 113
10.8 用 SQL 构建队列 .... 122
10.9 总结 .... 128
10.10 练习 .. 128
参考文献 . 129
第十一章特征描述 .. 138
11.1 数据库层级特征描述 ... 138
11.2 队列特征描述 .... 138
11.3 治疗路径 .. 132
11.4 发病率 133
11.5 高血压患者特征 133
11.6 ATLAS 中的数据库 / 特征描述 ..... 134
11.7 ATLAS 中的特征描述 .. 136
11.8 R 软件中队列特征的描述 . 141
11.9 ATLAS 中的队列路径 .. 144
11.10 ATLAS 中的发病率分析 147
11.11 总结 .. 158
11.12 练习 .. 158
参考文献 . 159
第十二章人群水平评估 . 160
12.1 队列研究设计 .... 162
12.2 自身对照队列设计 . 155
12.3 病例对照设计 .... 156
12.4 病例交叉设计 .... 157
12.5 自身病例对照系列设计 .... 158
12.6 设计一项高血压研究 ... 159
12.7 使用 ATLAS 进行研究 . 160
12.8 使用 R 执行研究 170
12.9 研究成果 .. 177
目录
12.10 总结 .. 190
12.11 练习题.... 191
参考文献 . 182
第 13 章患者水平预测... 194
13.1 预测问题 .. 195
13.2 数据提取 .. 196
13.3 模型拟合 .. 197
13.4 评估预测模型 .... 201
13.5 设计患者水平预测研究 .... 203
13.6 在 ATLAS 中的操作 ..... 206
13.7 在 R 中进行研究 203
13.8 结果外推 .. 208
13.9 其他患者水平预测功能 .. 215
13.10 总结 .. 216
13.11 练习 .. 216
参考文献 . 217
第 14 章证据质量 .... 230
14.1 可信证据的属性 218
14.2 理解证据质量 .... 219
14.3 沟通证据质量 .... 220
14.4 总结 .... 221
第 15 章数据质量 234
15.1 数据质量问题的来源 ... 223
15.2 一般数据质量 .... 224
15.3 研究专用检查 .... 227
15.4 ACHILLES 实践 . 229
15.5 数据质量控制面板（DQD）实践 ... 230
15.6 研究专用质量检查的实践 232
15.7 总结 .... 234
15.8 练习 .... 234
第 16 章临床有效性 236
16.1 卫生保健数据库的特点 .... 236
16.2 队列验证 .. 236
16.3 源记录验证 ... 239
16.4 PheValuator 240
16.5 证据的泛化 ... 249
16.6 总结 .... 250
参考文献 . 250
目录
第 17 章软件有效性 252
17.1 代码有效性研究 252
17.2 方法库软件开发流程 ... 253
17.3 方法库测试 ... 255
17.4 总结 .... 256
参考文献 . 256
第十八章方法有效性（Method Validity） .... 257
18.1 针对研究设计的诊断方法 257
18.2 可应用于所有估计的诊断方法 .. 258
18.3 实践中的方法验证 . 263
18.4 OHDSI 方法基准 .... 269
18.5 总结 .... 271
参考文献 . 271
第 19 章研究步骤 272
19.1 通用最佳实践指南 . 273
19.2 详细研究步骤 .... 275
19.3 总结 .... 279
第 20 章 OHDSI 协作网研究 ... 280
20.1 OHDSI 研究协作网 ..... 280
20.2 OHDSI 协作网研究 ..... 280
20.3 开展 OHDSI 协作网研究 . 283
20.4 未来展望：协作网研究自动化 .. 285
20.5 最佳的 OHDSI 协作网研究实践 ..... 286
20.6 总结 .... 287
附录.... 288
A 术语表 288
B 队列定义.. 297
C 阴性对照 . 313
D 研究方案模版 .... 315
E 参考答案 .....