在 UCSC 基因组浏览器上根据 bw 文件来可视化
打开 UCSC 浏览器：UCSC Genome Browser Home( http://genome.ucsc.edu/ )
但是直接导入数据是不行的：
需要服务器上传文件，然后提供链接。
我们的服务器是不连接外网的，这个怎么办呢？师兄有个骚操作，告诉我一个很好的工具！
先去注册一下，人家可以提供 100G 的空间给我们！
登录进去然后上传文件：
https://de.cyverse.org/dl/d/C227D8A0-8C79-45D1-85F2-574A2B1E0082/SRR5479647\_sorted.bam.bw
也可以直接点击：
然后就成功导入，点击 GO，就可以可视化啦！
这样子我们就可以有这样的图啦~
说是各种文件类型的都支持上传，但根据师兄的意见，还是整成 bw 文件上传再可视化比较好。
因此从 bam 文件开始转换为 bw 文件：
创建 bam 文件的索引：
samtools index *.bam
然后转换：
bamCoverage -b WGC095131D_sorted_dedup.bam -p 4 --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2652783500 --binSize 1 -o WGC095131D_sorted_dedup.bam.bigwig
然后到 ucsc 可视化：
还可导出 PDF 文件：
还有，可以去 http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/
当然，本地下载 IGV 也是可以看的啦！
参考资料：
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